More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6267 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
296 aa  600  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.5 
 
 
283 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.45 
 
 
275 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.101214 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
285 aa  211  9e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
281 aa  176  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
283 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
279 aa  169  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.358123  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23830  ABC-type sugar transport system, permease component  34.51 
 
 
303 aa  169  6e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
303 aa  169  7e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 
288 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
279 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.88 
 
 
279 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.006727  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
294 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.829969 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
279 aa  165  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169914  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.377096 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.85 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00701283  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  31.6 
 
 
297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1939  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0503026  normal  0.979613 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
279 aa  163  3e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.705306  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
299 aa  162  6e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
281 aa  161  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
295 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
275 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0294  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  31.56 
 
 
278 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
279 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0981879  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
279 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.175971  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
283 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
287 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.07 
 
 
276 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.776984  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0519  sugar ABC transporter, permease protein  30.82 
 
 
279 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  32.95 
 
 
280 aa  157  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0542  transmembrane transport protein  30.27 
 
 
293 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
276 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.18605  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0558  ABC transporter, permease protein  29.93 
 
 
293 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
293 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.62 
 
 
295 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
284 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0452  sugar ABC transporter, permease protein  30.82 
 
 
279 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
279 aa  155  9e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
275 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
276 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.590535  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
279 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.389703 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.28 
 
 
284 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.757856  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
273 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.11 
 
 
279 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.239478  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.11 
 
 
279 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0154166  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06510  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.57 
 
 
282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
276 aa  153  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04600  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
277 aa  152  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
275 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.48 
 
 
271 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
279 aa  152  7e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
285 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3249  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  32.72 
 
 
284 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
277 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
291 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3984100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
283 aa  149  4e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.288724  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2049  sugar ABC transporter (permease)  32.35 
 
 
303 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.907779  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.24 
 
 
295 aa  148  8e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2253  sugar ABC transporter (permease)  33.33 
 
 
281 aa  148  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.273878 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.66 
 
 
287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
279 aa  146  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.71 
 
 
275 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7705  sugar ABC transporter (permease)  32.83 
 
 
301 aa  146  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.68 
 
 
277 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5530  sugar ABC transporter (permease)  31.43 
 
 
292 aa  146  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.30156 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
290 aa  145  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548355  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
286 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
278 aa  145  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
273 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
283 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 
280 aa  144  1e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.41482 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
283 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.548734  normal  0.778236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  29.79 
 
 
283 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.7 
 
 
282 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.6 
 
 
277 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2009  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  30.83 
 
 
283 aa  143  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.815195  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.86 
 
 
298 aa  143  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
276 aa  143  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3424  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.4 
 
 
277 aa  142  5e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
289 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0292278 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.88 
 
 
279 aa  142  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
283 aa  142  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.253658  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.55 
 
 
288 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
274 aa  142  8e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.9 
 
 
289 aa  142  9e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
282 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.313327  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
275 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.16 
 
 
271 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  26.57 
 
 
283 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 
278 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273063  normal  0.368954 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
299 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.741227  normal  0.869108 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 
278 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.898469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>