More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0558 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0558  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
293 aa  588  1e-167  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0542  transmembrane transport protein  99.32 
 
 
293 aa  586  1e-166  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.58 
 
 
284 aa  261  1e-68  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.771633  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2104  permease protein  43.36 
 
 
329 aa  248  7e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.377288  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 
294 aa  242  6e-63  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.36 
 
 
284 aa  193  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23830  ABC-type sugar transport system, permease component  34.77 
 
 
303 aa  191  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1707  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.384192  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2049  sugar ABC transporter (permease)  34.29 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.907779  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
285 aa  179  4.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
275 aa  178  9e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
276 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
275 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7705  sugar ABC transporter (permease)  32.08 
 
 
301 aa  172  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1939  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
314 aa  171  9e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0503026  normal  0.979613 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 
279 aa  171  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2253  sugar ABC transporter (permease)  31.87 
 
 
281 aa  169  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.273878 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
275 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
288 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.93 
 
 
296 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
292 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
282 aa  162  6e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
275 aa  162  7e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5530  sugar ABC transporter (permease)  32.66 
 
 
292 aa  161  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.30156 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.45 
 
 
283 aa  161  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
284 aa  160  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0519592  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.6 
 
 
283 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
287 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
281 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0384109 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3943  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  29.41 
 
 
281 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0114669  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
319 aa  159  4e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0908171 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
305 aa  159  6e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
275 aa  159  7e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.741227  normal  0.869108 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.07 
 
 
319 aa  157  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.450418 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
281 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0224694  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
289 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0292278 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
277 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
302 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.505045  normal  0.0752536 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
283 aa  156  4e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
276 aa  156  4e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0294  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  30.11 
 
 
278 aa  155  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
274 aa  155  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27720  ABC-type sugar transport system, permease component  34.62 
 
 
284 aa  155  1e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.333543  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
275 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
316 aa  154  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.523457 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.27 
 
 
299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232263  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.67 
 
 
283 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0306  sugar ABC transporter, permease protein  31.58 
 
 
275 aa  152  7e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.147324  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
315 aa  152  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.266328 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
291 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3984100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
289 aa  152  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.062951  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 
278 aa  152  7e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 
278 aa  152  7e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
279 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
281 aa  150  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
285 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.31 
 
 
281 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
298 aa  150  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.705306  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
272 aa  149  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.531176 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.1 
 
 
307 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  29.26 
 
 
292 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
279 aa  149  6e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
271 aa  149  7e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.47 
 
 
293 aa  149  8e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  hitchhiker  0.00160002 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.77 
 
 
271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  31.29 
 
 
275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.33 
 
 
293 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.33 
 
 
293 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0981879  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.25 
 
 
290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2548  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.9 
 
 
304 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00362276  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
294 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.377096 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.28 
 
 
316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
276 aa  145  9e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
275 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.101214 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
279 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.94 
 
 
279 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.358123  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.85 
 
 
294 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.829969 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
277 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
274 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
277 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.275556  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0036  sugar ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 
276 aa  144  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.385725  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1703  putative transport system permease ABC transporter protein  29.31 
 
 
292 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.757038  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
280 aa  144  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.41482 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2908  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
303 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265009  normal  0.0499964 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
299 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.47 
 
 
280 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>