More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4015 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
278 aa  546  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
285 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
275 aa  186  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
281 aa  180  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
281 aa  175  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0384109 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
271 aa  172  5e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232263  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3943  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.88 
 
 
281 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0114669  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
288 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
275 aa  171  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
303 aa  169  7e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
279 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.239478  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
279 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0154166  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
279 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169914  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
279 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.358123  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2049  sugar ABC transporter (permease)  33.45 
 
 
303 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.907779  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
293 aa  159  6e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  hitchhiker  0.00160002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
281 aa  159  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
271 aa  158  8e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
274 aa  158  9e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7705  sugar ABC transporter (permease)  32.43 
 
 
301 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
279 aa  157  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
279 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
279 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.175971  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 
274 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.159934  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0519  sugar ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 
279 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
271 aa  156  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0294  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  32.94 
 
 
278 aa  156  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0452  sugar ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 
279 aa  156  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
290 aa  155  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548355  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1939  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
314 aa  155  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0503026  normal  0.979613 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
279 aa  155  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27720  ABC-type sugar transport system, permease component  34.09 
 
 
284 aa  155  6e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.333543  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
279 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0981879  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5530  sugar ABC transporter (permease)  34.55 
 
 
292 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.30156 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
284 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.757856  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
279 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.006727  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
273 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
277 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20500  Monosaccharide-transporting ATPase  30.07 
 
 
291 aa  152  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00337016  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.55 
 
 
283 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.82 
 
 
275 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
305 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00998336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.89 
 
 
284 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23830  ABC-type sugar transport system, permease component  29.04 
 
 
303 aa  150  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  31.06 
 
 
291 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
284 aa  149  5e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  31.06 
 
 
291 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
283 aa  149  5e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.47 
 
 
281 aa  148  9e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00417189  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
294 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.829969 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
287 aa  146  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
275 aa  146  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.607728  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6549  sugar ABC transporter, permease protein  32.38 
 
 
299 aa  146  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000581927 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.377096 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
275 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
290 aa  145  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.412321 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
275 aa  145  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
315 aa  145  6e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
278 aa  144  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.194848 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
275 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0623628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0974  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
296 aa  144  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0288746 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2716  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.15 
 
 
293 aa  143  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.684184  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
276 aa  144  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00701283  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
292 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.37 
 
 
276 aa  142  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.776984  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.35 
 
 
285 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3363  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
274 aa  143  4e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.364527  hitchhiker  0.005111 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
301 aa  142  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.521844  normal  0.416861 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.29 
 
 
297 aa  142  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
300 aa  142  6e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.385749  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
277 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
274 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0542  transmembrane transport protein  30.91 
 
 
293 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
287 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
280 aa  142  7e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
275 aa  142  8e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
275 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0558  ABC transporter, permease protein  30.91 
 
 
293 aa  141  9e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.15 
 
 
275 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.85 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.780322  normal  0.346873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1617  putative binding-protein-dependent transport protein  31.52 
 
 
304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.201797  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  33.21 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2681  Monosaccharide-transporting ATPase  32.94 
 
 
278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.515759  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.621344  normal  0.190746 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29430  ABC-type sugar transport system, permease component  35.09 
 
 
298 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.35 
 
 
279 aa  140  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.389703 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15080  ABC-type sugar transport system, permease component  34.92 
 
 
274 aa  140  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.316794  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07090  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.97 
 
 
297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00114056  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
275 aa  139  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
309 aa  139  4.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0903437  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.66 
 
 
281 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0224694  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
278 aa  139  6e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>