More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4977 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
288 aa  581  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  86.71 
 
 
291 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  86.71 
 
 
291 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.66 
 
 
292 aa  511  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.08 
 
 
287 aa  450  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.57 
 
 
280 aa  356  1.9999999999999998e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
274 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
277 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
275 aa  186  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
253 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0078  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.14 
 
 
293 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
271 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
282 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 
316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
276 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.05 
 
 
297 aa  179  4e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
275 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
278 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
305 aa  178  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
296 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
296 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
277 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.9066  normal  0.435889 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.48 
 
 
281 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610418 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
274 aa  172  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
279 aa  172  5e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
281 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
285 aa  170  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
278 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.405999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0549  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpE  34.59 
 
 
272 aa  169  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  31.21 
 
 
275 aa  168  8e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
319 aa  168  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235146  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.81 
 
 
283 aa  167  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
281 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 
283 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.313327  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000450076  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
283 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.586722  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 
289 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
285 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.79 
 
 
286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4030  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
280 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4062  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
280 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.686146  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3920  maltosaccharide ABC transporter permease  34.75 
 
 
280 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3752  maltosaccharide ABC transporter, permease  34.75 
 
 
280 aa  163  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.109892  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3768  maltosaccharide ABC transporter, permease  34.75 
 
 
280 aa  163  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4227  maltosaccharide ABC transporter permease protein  34.75 
 
 
280 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4136  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
280 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.672601  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4117  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
280 aa  163  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.222896  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
286 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
276 aa  163  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
315 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338666  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
280 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.334457  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
275 aa  163  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
322 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171707  normal  0.684803 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1103  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.63 
 
 
283 aa  162  6e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216355  normal  0.105298 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
280 aa  162  7e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0142208  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1884  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35.46 
 
 
278 aa  161  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.85 
 
 
275 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
284 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.288507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1122  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
280 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.331938  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
306 aa  161  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
297 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
277 aa  160  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.47 
 
 
278 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
277 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
311 aa  160  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.736814  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.47 
 
 
278 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
293 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3582  hypothetical protein  34.6 
 
 
278 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.928396  normal  0.804079 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
316 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
307 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
275 aa  159  4e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.17 
 
 
275 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.313337  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0403  putative integral membrane transport protein  32.95 
 
 
279 aa  159  5e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
280 aa  159  6e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.565272 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
279 aa  158  8e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
279 aa  158  9e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.305839  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03720  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.72 
 
 
298 aa  158  9e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.652933 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.04 
 
 
295 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
285 aa  158  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
284 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
293 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
269 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.489917  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
272 aa  157  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.531176 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0558  ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 
293 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1754  putative ABC transporter (permease protein)  34.51 
 
 
274 aa  156  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  0.512561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 
288 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
277 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000244229  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0542  transmembrane transport protein  31.6 
 
 
293 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.58 
 
 
277 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
276 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.590535  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>