More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1269 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1269  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
324 aa  645    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1493  peptide ABC transporter, permease protein  95.37 
 
 
324 aa  593  1e-168  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.37 
 
 
324 aa  593  1e-168  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1614  oligopeptide ABC transporter, permease protein  45.21 
 
 
304 aa  255  7e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
328 aa  230  2e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
323 aa  223  3e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
340 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
339 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
325 aa  212  7.999999999999999e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
327 aa  211  2e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0410349  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
326 aa  209  6e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
325 aa  208  8e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000755906  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
320 aa  208  8e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
340 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
325 aa  206  3e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
323 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
324 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0042  dihydrodipicolinate synthase  37.58 
 
 
318 aa  204  1e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.8312  normal  0.78921 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19900  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.74 
 
 
348 aa  203  4e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00317245  hitchhiker  0.000399681 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.58 
 
 
340 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  38.56 
 
 
323 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2577  ABC-type [(GlcNAc)2] transporter, permease protein  36.56 
 
 
328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
325 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0249193  normal  0.645834 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.438501  normal  0.539415 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
328 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.227474  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
322 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03424  hypothetical protein  37.19 
 
 
328 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
340 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002585  (GlcNAc)2 ABC transporter permease component 1  37.19 
 
 
328 aa  199  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
355 aa  199  6e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.543092 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3568  oligopeptide ABC transporter, permease  36.1 
 
 
327 aa  199  7e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0709186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
313 aa  199  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.06 
 
 
326 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0148  peptide ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 
328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0394  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  32.8 
 
 
320 aa  196  3e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
324 aa  196  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
336 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.5 
 
 
336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  35.9 
 
 
336 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
313 aa  196  7e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
326 aa  195  7e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.54 
 
 
336 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5781  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
325 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.100059 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
328 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
326 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.44 
 
 
328 aa  195  1e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.655147  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  36.51 
 
 
336 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.18 
 
 
336 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
313 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
313 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
324 aa  192  5e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.399045  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
325 aa  191  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
313 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
333 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
338 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
336 aa  190  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
322 aa  189  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
335 aa  189  5e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
335 aa  189  5e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 
326 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  35.51 
 
 
336 aa  189  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.28 
 
 
321 aa  188  8e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
323 aa  189  8e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
356 aa  188  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  0.973123 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.24 
 
 
336 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  37.1 
 
 
336 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  36.22 
 
 
336 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.83 
 
 
335 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
327 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.46 
 
 
306 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
330 aa  187  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
334 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  36.22 
 
 
336 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  36.22 
 
 
336 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  35.74 
 
 
336 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  36.08 
 
 
336 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  35.83 
 
 
335 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
306 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
328 aa  187  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.0000000643204  unclonable  0.00000000002362 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
331 aa  186  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.621344  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  36.11 
 
 
321 aa  186  4e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.84 
 
 
313 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  35.87 
 
 
339 aa  186  5e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  35.56 
 
 
339 aa  186  6e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0840  alkaline phosphatase  36.99 
 
 
336 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
335 aa  186  6e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  33.77 
 
 
328 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  37.01 
 
 
313 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
325 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.271633 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
334 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
321 aa  185  9e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
315 aa  185  9e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8180  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  35.35 
 
 
313 aa  185  9e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119694  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.83 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>