More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3572 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3572  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 216 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.702374 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6441  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.15 
 
 		 213 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6489  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.46 
 
 		 219 aa  105  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.324114  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1260  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  32.85 
 
 		 206 aa  98.2  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  30.29 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.78 
 
 		 214 aa  95.5  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.31 
 
 		 214 aa  95.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 213 aa  94.4  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.429674  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 206 aa  94.4  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  30.88 
 
 		 210 aa  91.7  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  32.09 
 
 		 228 aa  91.7  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  37.5 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.39 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  29.11 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 221 aa  89.7  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.273145  hitchhiker  0.00000136124 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  29.11 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 215 aa  89.4  4e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 215 aa  89  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0678517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.39 
 
 		 210 aa  89  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 228 aa  88.2  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 216 aa  87.8  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  31.16 
 
 		 216 aa  87.4  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4527  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.43 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.658241 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2312  two-component response regulator transcription regulator protein  28.43 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.500036 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.94 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4715  Two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 264 aa  86.7  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.94 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1873  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 215 aa  87  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.56104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4664  two component LuxR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 219 aa  86.3  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5476  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.11 
 
 		 219 aa  86.3  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.21854 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2907  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.03 
 
 		 222 aa  86.3  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0590247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.6 
 
 		 217 aa  86.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 213 aa  86.3  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.7 
 
 		 214 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 205 aa  85.5  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 210 aa  85.5  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 210 aa  85.1  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  29.58 
 
 		 220 aa  85.1  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.56 
 
 		 207 aa  85.1  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_002950  PG1431  LuxR family DNA-binding response regulator  30.61 
 
 		 227 aa  84.7  9e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.338793 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  29.03 
 
 		 220 aa  84.3  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.64 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5522  two component LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  28.1 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  32.39 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.05 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 215 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0949899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  37.14 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.47 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5905  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0252894  normal  0.145246 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  29.78 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1646  two component LuxR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92254 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.43 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 215 aa  82.4  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003136  transcriptional regulator LuxR family protein  30.37 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12843  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.64 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3579  two component LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.393396  normal  0.0540104 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1954  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.72 
 
 		 220 aa  82.4  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2579  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.32 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0500394 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0905  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  29.19 
 
 		 206 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0826046  hitchhiker  0.00000533581 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 220 aa  81.6  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  37.7 
 
 		 220 aa  81.6  0.000000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  28.23 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  28.71 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  28.71 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  28.71 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  28.71 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  28.71 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  29.33 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.95 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 213 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4226  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.77 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  31.69 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2786  two component LuxR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0443035  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1846  LuxR family two component transcriptional regulator  34.59 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.23 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0709  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  29.86 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  34.03 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  28.71 
 
 		 214 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  28.71 
 
 		 214 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  28.71 
 
 		 214 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 214 aa  79.7  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0659  fimbrial Z protein; signal transducer  29.65 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.379451 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1229  response regulator receiver protein  32.39 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643884  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  32 
 
 		 214 aa  79.7  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>