More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0170 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0170  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 156 aa  316  9e-86  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3111  DNA repair protein RadC  40.44 
 
 		 169 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000111017  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  44.35 
 
 		 227 aa  110  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  43.2 
 
 		 227 aa  109  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  43.2 
 
 		 227 aa  109  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  43.44 
 
 		 229 aa  106  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  43.2 
 
 		 215 aa  106  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  42.4 
 
 		 222 aa  105  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  38.81 
 
 		 229 aa  105  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  37.6 
 
 		 228 aa  105  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0983  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 231 aa  105  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  42.97 
 
 		 232 aa  103  8e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  40.32 
 
 		 229 aa  103  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  36.43 
 
 		 229 aa  103  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  44.07 
 
 		 232 aa  102  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0786  DNA repair protein RadC  42.59 
 
 		 166 aa  101  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  39.53 
 
 		 233 aa  101  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  37.98 
 
 		 230 aa  100  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  37.3 
 
 		 235 aa  100  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  38.1 
 
 		 236 aa  99  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2277  DNA repair protein RadC  44.76 
 
 		 166 aa  99.4  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1463  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 167 aa  98.2  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.794646 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  35.04 
 
 		 228 aa  98.2  4e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 225 aa  97.8  5e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 165 aa  97.8  5e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 		 241 aa  97.8  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  36.43 
 
 		 229 aa  97.8  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3737  DNA repair protein RadC  36.11 
 
 		 168 aa  97.8  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  34.81 
 
 		 229 aa  97.4  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 226 aa  97.1  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 		 227 aa  97.1  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  37.8 
 
 		 225 aa  97.1  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2168  DNA repair protein RadC  32 
 
 		 163 aa  96.3  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00702134  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  37.6 
 
 		 234 aa  96.7  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  36.22 
 
 		 227 aa  96.7  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  37.01 
 
 		 225 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  36.29 
 
 		 206 aa  96.7  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0216  DNA repair protein RadC  32 
 
 		 163 aa  96.3  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 226 aa  95.5  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  40.78 
 
 		 228 aa  95.5  3e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  36.67 
 
 		 228 aa  94.7  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  36.29 
 
 		 227 aa  94.7  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  36.22 
 
 		 225 aa  94.4  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  36.43 
 
 		 231 aa  94  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  36.22 
 
 		 225 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  36.22 
 
 		 225 aa  92.8  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  36.22 
 
 		 225 aa  92.8  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0244  DNA repair protein  35.16 
 
 		 151 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  36.22 
 
 		 225 aa  92.8  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  36.43 
 
 		 231 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  37.9 
 
 		 227 aa  92.8  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 225 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  36.72 
 
 		 233 aa  92.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 225 aa  92  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  34.4 
 
 		 230 aa  92  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  37.86 
 
 		 222 aa  91.3  4e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  35.92 
 
 		 228 aa  91.7  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  40.52 
 
 		 213 aa  91.7  4e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 		 223 aa  91.3  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0275  DNA repair protein RadC  31.2 
 
 		 163 aa  91.7  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00125645  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 222 aa  90.9  5e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  40.34 
 
 		 222 aa  90.9  5e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0803  DNA repair protein, RadC-like  36.22 
 
 		 166 aa  91.3  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 223 aa  90.9  6e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1885  DNA repair protein RadC  35.16 
 
 		 166 aa  90.1  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 		 222 aa  89.4  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  40.78 
 
 		 223 aa  89  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  36.07 
 
 		 234 aa  89  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 223 aa  87.8  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  32.81 
 
 		 233 aa  87.8  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 272 aa  87.4  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  35.48 
 
 		 162 aa  87.8  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  43.75 
 
 		 148 aa  87  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  43.75 
 
 		 158 aa  87  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  36.22 
 
 		 222 aa  87  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  42.35 
 
 		 245 aa  87  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  43.75 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  43.75 
 
 		 158 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  43.75 
 
 		 158 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  40.4 
 
 		 228 aa  86.7  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  43.75 
 
 		 158 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 229 aa  86.7  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  43.75 
 
 		 158 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  38.61 
 
 		 243 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 224 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  38.61 
 
 		 243 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1619  DNA repair protein RadC  35.66 
 
 		 166 aa  85.9  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  35.48 
 
 		 228 aa  85.5  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  42.5 
 
 		 158 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  34.71 
 
 		 231 aa  84.7  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0081  DNA repair protein RadC  33.59 
 
 		 220 aa  84.7  4e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  42.5 
 
 		 158 aa  84.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  42.5 
 
 		 158 aa  84.7  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 223 aa  84.3  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  42.5 
 
 		 158 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1216  DNA repair protein  36.19 
 
 		 206 aa  84.3  6e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  35.14 
 
 		 246 aa  84  7e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  37.01 
 
 		 226 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  47.5 
 
 		 255 aa  84  8e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  33.86 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>