More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1216 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_1216  DNA repair protein  100 
 
 		 206 aa  427  1e-119  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1430  DNA repair protein RadC  40.85 
 
 		 228 aa  118  4.9999999999999996e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1095  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.912816  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  44.92 
 
 		 227 aa  114  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  44.07 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  36.08 
 
 		 228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  42.98 
 
 		 222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  45.71 
 
 		 165 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 223 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 231 aa  109  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  35.5 
 
 		 225 aa  108  5e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 231 aa  107  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  31.73 
 
 		 224 aa  105  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  30.22 
 
 		 227 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  30.33 
 
 		 224 aa  105  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  35.34 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  41.41 
 
 		 226 aa  103  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  33.93 
 
 		 222 aa  102  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  44.12 
 
 		 232 aa  102  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  40.4 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  36.13 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 234 aa  102  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  36.13 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  36.13 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  36.09 
 
 		 224 aa  101  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  36.13 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  36.13 
 
 		 225 aa  101  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  39.39 
 
 		 229 aa  101  8e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  33.57 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  44.12 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  36.13 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3111  DNA repair protein RadC  41.41 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000111017  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  36.13 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  31.02 
 
 		 230 aa  99.8  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  37.23 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 225 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  40.4 
 
 		 225 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  35 
 
 		 224 aa  99.4  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  39.84 
 
 		 222 aa  99.8  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  28.76 
 
 		 222 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  32.22 
 
 		 223 aa  99  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2168  DNA repair protein RadC  41.75 
 
 		 163 aa  99  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00702134  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  36.43 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  38.83 
 
 		 229 aa  98.6  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  44.09 
 
 		 222 aa  98.6  5e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  31.4 
 
 		 224 aa  99  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  28.76 
 
 		 222 aa  98.6  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  40.38 
 
 		 228 aa  98.6  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  28.76 
 
 		 222 aa  98.6  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  28.76 
 
 		 222 aa  98.6  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  38.52 
 
 		 223 aa  98.6  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  44.09 
 
 		 215 aa  98.6  6e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  28.76 
 
 		 222 aa  98.2  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  28.76 
 
 		 222 aa  98.2  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  28.76 
 
 		 222 aa  98.2  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0216  DNA repair protein RadC  41.75 
 
 		 163 aa  98.2  7e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1619  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 166 aa  98.2  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  34.69 
 
 		 229 aa  97.8  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  36.51 
 
 		 228 aa  97.8  9e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  33.73 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  28.98 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  32.37 
 
 		 227 aa  97.1  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  43.01 
 
 		 236 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  29.02 
 
 		 214 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  35.94 
 
 		 159 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0244  DNA repair protein  40.82 
 
 		 151 aa  96.7  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  43.43 
 
 		 243 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  31.58 
 
 		 227 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  43.43 
 
 		 243 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3737  DNA repair protein RadC  40.78 
 
 		 168 aa  96.7  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  39.8 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  37.7 
 
 		 247 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  34.01 
 
 		 228 aa  96.3  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0275  DNA repair protein RadC  40.78 
 
 		 163 aa  96.3  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00125645  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  35.94 
 
 		 160 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  41.75 
 
 		 224 aa  95.9  4e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  29.27 
 
 		 224 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1463  DNA repair protein RadC  40.4 
 
 		 167 aa  95.9  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.794646 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  39.18 
 
 		 232 aa  95.1  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  28.78 
 
 		 224 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  40.37 
 
 		 158 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  39.84 
 
 		 223 aa  95.1  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  34.97 
 
 		 224 aa  95.1  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  34.31 
 
 		 224 aa  95.1  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  40.37 
 
 		 158 aa  94.7  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  40.37 
 
 		 148 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  40.37 
 
 		 158 aa  94.7  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  28.32 
 
 		 222 aa  94.7  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  37.82 
 
 		 228 aa  94.7  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  40.37 
 
 		 158 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  40.37 
 
 		 158 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  40.37 
 
 		 158 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  29.76 
 
 		 224 aa  94.7  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 		 242 aa  94.7  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  36.59 
 
 		 158 aa  94  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0630  DNA repair protein RadC  38.89 
 
 		 229 aa  94.4  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  31.28 
 
 		 223 aa  94.4  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 242 aa  94.4  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>