More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4386 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4386  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343439  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3922  LysR family transcriptional regulator  97.32 
 
 		 298 aa  577  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1368  LysR family transcriptional regulator  88.51 
 
 		 304 aa  526  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.114163 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4486  LysR family transcriptional regulator  85.14 
 
 		 298 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3883  LysR family transcriptional regulator  85.14 
 
 		 298 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5818  LysR family transcriptional regulator  84.85 
 
 		 298 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4995  LysR family transcriptional regulator  83.11 
 
 		 302 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.631415  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0673  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102205  normal  0.750884 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1920  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.304852  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2021  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000475915  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1952  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 263 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018508 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2935  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1680  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21592  normal  0.237518 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1864  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  26.52 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  26.52 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  26.52 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  26.52 
 
 		 292 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 323 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3090  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 283 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 327 aa  89.7  6e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 311 aa  89.4  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  23.97 
 
 		 292 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19930  transcriptional regulator  26.79 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.169185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  24.51 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1592  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.030577  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  29.88 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2101  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1761  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00834119  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  25.11 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 311 aa  79  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1903  transcriptional regulator, LysR family, putative  23.97 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.139463  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  21.77 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  24.34 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 386 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0412  transcriptional regulator  24.6 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0159161  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.46 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>