More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_3883 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008061  Bcen_3883  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4486  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5818  LysR family transcriptional regulator  98.31 
 
 		 298 aa  584  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1368  LysR family transcriptional regulator  93.62 
 
 		 304 aa  564  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.114163 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3922  LysR family transcriptional regulator  86.49 
 
 		 298 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4386  LysR family transcriptional regulator  85.14 
 
 		 303 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343439  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4995  LysR family transcriptional regulator  84.8 
 
 		 302 aa  500  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.631415  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 289 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1920  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 263 aa  132  9e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.304852  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2021  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000475915  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1952  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018508 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0673  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102205  normal  0.750884 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 290 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3090  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1864  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 294 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2935  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 304 aa  99.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1680  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 293 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21592  normal  0.237518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  25.76 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1592  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.030577  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  29.92 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  24.53 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 		 306 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 314 aa  89.4  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 316 aa  89.4  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2101  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515959  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  27.91 
 
 		 308 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 313 aa  85.5  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  27.91 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  27.91 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  27.91 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  29.71 
 
 		 327 aa  84.3  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  24.51 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 386 aa  84  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  27.57 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  30.1 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1692  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  26.43 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.26 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.26 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.26 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.26 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.26 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1761  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00834119  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>