More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3922 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3922  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  594  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4386  LysR family transcriptional regulator  97.32 
 
 		 303 aa  577  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343439  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1368  LysR family transcriptional regulator  89.19 
 
 		 304 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.114163 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3883  LysR family transcriptional regulator  86.49 
 
 		 298 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4486  LysR family transcriptional regulator  86.49 
 
 		 298 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5818  LysR family transcriptional regulator  86.2 
 
 		 298 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4995  LysR family transcriptional regulator  84.12 
 
 		 302 aa  499  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.631415  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0673  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102205  normal  0.750884 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1920  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.304852  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2021  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000475915  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1952  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 263 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018508 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 295 aa  112  9e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 295 aa  99.8  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2935  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1864  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1680  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 293 aa  92.4  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21592  normal  0.237518 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3090  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 283 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 299 aa  89  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 314 aa  89  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 294 aa  87.4  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  23.86 
 
 		 292 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  25.76 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1592  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.030577  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 316 aa  85.9  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 327 aa  85.5  9e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2101  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515959  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  21.65 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  24.72 
 
 		 313 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1903  transcriptional regulator, LysR family, putative  24.38 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.139463  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19930  transcriptional regulator  24.91 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.169185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 335 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  24.68 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1761  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00834119  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  26 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  24.31 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.15 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  26 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  26 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  26 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  26 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  28.17 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.96 
 
 		 325 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 386 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1277  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>