More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7379 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7379  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 347 aa  719    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144359  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3700  LacI family transcription regulator  59.64 
 
 		 337 aa  391  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3435  regulatory protein, LacI  59.64 
 
 		 354 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101905 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3640  regulatory protein LacI  44.73 
 
 		 355 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0787  LacI family transcription regulator  42.73 
 
 		 375 aa  276  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2811  regulatory protein LacI  42.2 
 
 		 412 aa  272  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4614  transcriptional regulator, LacI family  42.27 
 
 		 352 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.995462 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5308  transcriptional regulator, LacI family  42.27 
 
 		 352 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3558  LacI family transcription regulator  42.06 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0239  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  39.32 
 
 		 351 aa  246  4e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.547484  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0263  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  39.01 
 
 		 351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.192582  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0391  transcriptional regulator, LacI family  27.46 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.133972  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0347  transcriptional regulator, LacI family  26.87 
 
 		 339 aa  123  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.427458  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2909  sucrose operon repressor  25.62 
 
 		 335 aa  119  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00007545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4207  LacI family transcription regulator  27.74 
 
 		 347 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3596  transcriptional regulator, LacI family  27.16 
 
 		 339 aa  115  7.999999999999999e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2023  LacI family transcription regulator  25.63 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072894 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3759  transcriptional regulator, LacI family  28.36 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.899629  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.23 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000221  fructose repressor FruR LacI family  29.7 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3916  transcriptional regulator, LacI family  25.23 
 
 		 334 aa  99  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01589  DNA-binding transcriptional repressor  29.09 
 
 		 342 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.784776  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0452  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.25 
 
 		 326 aa  96.7  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01579  hypothetical protein  29.09 
 
 		 342 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3761  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.91 
 
 		 338 aa  96.3  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.193562  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2022  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.287863  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2332  DNA-binding transcriptional repressor MalI  29.45 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0362  transcriptional regulator, LacI family  31.03 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18230  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.68 
 
 		 329 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0329354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1808  DNA-binding transcriptional repressor MalI  29.45 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1695  DNA-binding transcriptional repressor MalI  29.45 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2010  DNA-binding transcriptional repressor MalI  29.45 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0616401  normal  0.708853 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1828  DNA-binding transcriptional repressor MalI  29.45 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1579  DNA-binding transcriptional repressor MalI  29.45 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1582  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.68 
 
 		 329 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  29.31 
 
 		 338 aa  95.1  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.54 
 
 		 347 aa  94.4  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 330 aa  94  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  28.82 
 
 		 340 aa  93.6  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  25.61 
 
 		 336 aa  94  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0600  transcriptional regulator, LacI family  28.11 
 
 		 332 aa  93.6  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  28.12 
 
 		 339 aa  92.8  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1828  DNA-binding transcriptional repressor MalI  26.79 
 
 		 342 aa  92.4  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00674851 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.51 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0750  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.41 
 
 		 334 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1640  LacI family transcription regulator  25.54 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  27.88 
 
 		 343 aa  90.5  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.51 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02609  hypothetical protein  25.31 
 
 		 332 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  25.24 
 
 		 333 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.37 
 
 		 356 aa  89.4  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  25.08 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  25.24 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  25.24 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  25.24 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  25.9 
 
 		 349 aa  89  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3383  LacI family transcription regulator  28.51 
 
 		 344 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0237122 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  25.24 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  27.19 
 
 		 339 aa  88.2  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  22.67 
 
 		 335 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05957  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.65 
 
 		 331 aa  87.8  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  25.07 
 
 		 348 aa  88.6  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0072  transcriptional regulator LacI family  23.6 
 
 		 343 aa  87.4  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  27.82 
 
 		 346 aa  86.7  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.43 
 
 		 352 aa  87  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.9 
 
 		 340 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0785  DNA-binding transcriptional regulator FruR  26.77 
 
 		 330 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 342 aa  86.7  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3961  transcriptional regulator, LacI family  26.43 
 
 		 334 aa  86.3  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0946705 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  26.96 
 
 		 353 aa  85.9  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02648  L-fuculose phosphate aldolase  25.49 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4401  DNA-binding transcriptional regulator FruR  26.21 
 
 		 331 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  23.72 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  25.09 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  26.27 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0626  DNA-binding transcriptional regulator FruR  26.67 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.800956  normal  0.256043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.68 
 
 		 340 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3162  transcriptional regulator, LacI family  28.03 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1564  DNA-binding transcriptional repressor MalI  26.69 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.253156 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3603  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25.95 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0815  DNA-binding transcriptional regulator FruR  26.45 
 
 		 354 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  32.23 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.22 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.311643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1710  LacI family transcription regulator  25.48 
 
 		 344 aa  84  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0826  DNA-binding transcriptional regulator FruR  26.04 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.751385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  26.32 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0598  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25.81 
 
 		 334 aa  83.6  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  25.44 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.45 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.45 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.45 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  28.64 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3791  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25.81 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0636  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25.96 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 338 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3139  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  26.54 
 
 		 341 aa  82.4  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>