More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0787 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0787  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 375 aa  759    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2811  regulatory protein LacI  43.71 
 
 		 412 aa  286  5e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4614  transcriptional regulator, LacI family  44.94 
 
 		 352 aa  279  6e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.995462 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7379  transcriptional regulator LacI family  42.73 
 
 		 347 aa  276  4e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144359  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5308  transcriptional regulator, LacI family  43.41 
 
 		 352 aa  275  8e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3558  LacI family transcription regulator  47.96 
 
 		 354 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3640  regulatory protein LacI  43.45 
 
 		 355 aa  271  9e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3700  LacI family transcription regulator  46.73 
 
 		 337 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3435  regulatory protein, LacI  46.73 
 
 		 354 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101905 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0239  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  43.31 
 
 		 351 aa  262  6e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.547484  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0263  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  42.68 
 
 		 351 aa  260  3e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.192582  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4207  LacI family transcription regulator  31.89 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3759  transcriptional regulator, LacI family  32.7 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.899629  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3596  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 339 aa  113  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2023  LacI family transcription regulator  28.89 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072894 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2909  sucrose operon repressor  30.03 
 
 		 335 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00007545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0347  transcriptional regulator, LacI family  29.5 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.427458  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0815  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.52 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 348 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0391  transcriptional regulator, LacI family  29.19 
 
 		 339 aa  102  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.133972  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.48 
 
 		 331 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.723307  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30 
 
 		 331 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1582  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.59 
 
 		 329 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18230  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.22 
 
 		 329 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0329354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0826  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.43 
 
 		 331 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.751385 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4401  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.43 
 
 		 331 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3383  LacI family transcription regulator  26.79 
 
 		 344 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0237122 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 339 aa  95.9  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  25.72 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0953  fructose repressor FruR, putative  27.56 
 
 		 331 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.4 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 		 355 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.86 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  26.74 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3916  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 334 aa  91.3  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0820  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.66 
 
 		 331 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.193508 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0058  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 		 338 aa  86.7  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 343 aa  86.3  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.67 
 
 		 337 aa  86.3  9e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3529  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.33 
 
 		 336 aa  85.9  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3399  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.33 
 
 		 336 aa  85.9  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  29.52 
 
 		 351 aa  85.9  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2929  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.33 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0750  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.67 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  29.63 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  30.04 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  30.4 
 
 		 352 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.04 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3603  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.54 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02609  hypothetical protein  25.32 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.63 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.63 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.63 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.04 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  29.63 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  29.96 
 
 		 352 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.63 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  27.55 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3791  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.34 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  27.81 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  26.9 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2376  transcriptional regulator, LacI family  30.05 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0707  RegM family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 334 aa  82.4  0.00000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000462743  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.04 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.04 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  29.28 
 
 		 343 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.04 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  28.22 
 
 		 333 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.04 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.04 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.22 
 
 		 333 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12180  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.5 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382176  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.32 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0874  transcriptional regulator, LacI family  26.75 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.415502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.32 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  26.83 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.22 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0598  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.84 
 
 		 334 aa  82  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1374  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.32 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.28 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0888  transcriptional regulator, LacI family  37.88 
 
 		 349 aa  80.9  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1696  transcriptional regulator, LacI family  30.26 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0595  LacI family transcription regulator  26.02 
 
 		 349 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000015362  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.08 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0759  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.153259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.69 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  26.32 
 
 		 340 aa  79.7  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1478  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 348 aa  79.7  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0785  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.34 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1691  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 341 aa  79.7  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0314799  normal  0.084893 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0636  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.05 
 
 		 334 aa  79.7  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1039  transcriptional regulator, LacI family  28.29 
 
 		 335 aa  79.7  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.763087 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  26.1 
 
 		 333 aa  79.3  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  29.84 
 
 		 340 aa  79.3  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1791  catabolite control protein A  25.78 
 
 		 329 aa  79  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.42313  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1826  catabolite control protein A  25.78 
 
 		 329 aa  79  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000092301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>