More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3640 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3640  regulatory protein LacI  100 
 
 		 355 aa  728    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5308  transcriptional regulator, LacI family  73.43 
 
 		 352 aa  542  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4614  transcriptional regulator, LacI family  72.29 
 
 		 352 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.995462 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0263  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  68.41 
 
 		 351 aa  504  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.192582  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0239  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  68.7 
 
 		 351 aa  505  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.547484  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2811  regulatory protein LacI  44.78 
 
 		 412 aa  298  8e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7379  transcriptional regulator LacI family  44.73 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144359  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0787  LacI family transcription regulator  43.45 
 
 		 375 aa  271  9e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3558  LacI family transcription regulator  45 
 
 		 354 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3435  regulatory protein, LacI  44.38 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101905 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3700  LacI family transcription regulator  44.38 
 
 		 337 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4207  LacI family transcription regulator  26.98 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2023  LacI family transcription regulator  26.43 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072894 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3596  transcriptional regulator, LacI family  27.02 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0391  transcriptional regulator, LacI family  26.09 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.133972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2909  sucrose operon repressor  25.32 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00007545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3759  transcriptional regulator, LacI family  26.4 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.899629  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0347  transcriptional regulator, LacI family  25.78 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.427458  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0815  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.18 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0826  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.91 
 
 		 331 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.751385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.57 
 
 		 331 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25.88 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.723307  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3916  transcriptional regulator, LacI family  26.23 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18230  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.48 
 
 		 329 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0329354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4401  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.09 
 
 		 331 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1582  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.48 
 
 		 329 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000221  fructose repressor FruR LacI family  26.35 
 
 		 326 aa  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  26.52 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.45 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05957  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25.64 
 
 		 331 aa  99.8  7e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0785  DNA-binding transcriptional regulator FruR  26.56 
 
 		 330 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0089  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.1 
 
 		 325 aa  96.3  8e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0953  fructose repressor FruR, putative  24.44 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00081  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0073  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3520  transcriptional regulator, LacI family  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0820  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25 
 
 		 331 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.193508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0085  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0082  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0086  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0088  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.936017 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00080  hypothetical protein  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3577  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3383  LacI family transcription regulator  25.23 
 
 		 344 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0237122 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0452  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.12 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.15013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000945493 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0127  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0134  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.118856 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0135  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3376  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 336 aa  93.2  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0626  DNA-binding transcriptional regulator FruR  23.82 
 
 		 334 aa  92.4  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.800956  normal  0.256043 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12180  DNA-binding transcriptional regulator FruR  27.3 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382176  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0874  transcriptional regulator, LacI family  25.79 
 
 		 339 aa  91.3  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.415502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3791  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.45 
 
 		 334 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3603  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  87.8  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0750  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.61 
 
 		 334 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3529  DNA-binding transcriptional regulator FruR  23.72 
 
 		 336 aa  87  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3399  DNA-binding transcriptional regulator FruR  23.72 
 
 		 336 aa  87  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0598  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.06 
 
 		 334 aa  86.7  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2929  DNA-binding transcriptional regulator FruR  23.72 
 
 		 336 aa  85.9  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0636  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.14 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  25.86 
 
 		 340 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1640  LacI family transcription regulator  25.88 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  25.86 
 
 		 340 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.58 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  25.74 
 
 		 355 aa  82.8  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02609  hypothetical protein  25.33 
 
 		 332 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1780  sucrose operon repressor  28.91 
 
 		 330 aa  82.4  0.00000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000248781 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  26.98 
 
 		 353 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3550  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.92 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  25.44 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3367  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.24 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00871192 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1853  LacI family transcription regulator  27.51 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  24.29 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  23.75 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  25.88 
 
 		 333 aa  79.3  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1828  DNA-binding transcriptional repressor MalI  27.57 
 
 		 342 aa  79.3  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00674851 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  23.24 
 
 		 334 aa  79.3  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  28.68 
 
 		 330 aa  78.6  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  24.13 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01589  DNA-binding transcriptional repressor  28.3 
 
 		 342 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.784776  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02648  L-fuculose phosphate aldolase  24.92 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01579  hypothetical protein  28.3 
 
 		 342 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  25.29 
 
 		 340 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  29.12 
 
 		 335 aa  77  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2332  DNA-binding transcriptional repressor MalI  28.3 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  28.28 
 
 		 353 aa  77  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3162  transcriptional regulator, LacI family  23.48 
 
 		 342 aa  76.6  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  23.3 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0072  transcriptional regulator LacI family  24.71 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3761  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.84 
 
 		 338 aa  76.3  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.193562  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2022  transcriptional regulator, LacI family  27.83 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.287863  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0309  LacI family transcription regulator  28.16 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2010  DNA-binding transcriptional repressor MalI  27.83 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0616401  normal  0.708853 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1695  DNA-binding transcriptional repressor MalI  27.83 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  23.6 
 
 		 334 aa  76.3  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  25.15 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.82 
 
 		 347 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1564  DNA-binding transcriptional repressor MalI  27.31 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.253156 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>