More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5341 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5341  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  100 
 
 		 348 aa  680    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1273  inner-membrane translocator  60.07 
 
 		 308 aa  354  2e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1365  monosaccharide-transporting ATPase  41.95 
 
 		 349 aa  208  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0925681  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2602  inner-membrane translocator  41.8 
 
 		 341 aa  202  6e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.355907  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0344  monosaccharide-transporting ATPase  38.46 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.324095  normal  0.0533702 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  42.07 
 
 		 331 aa  186  6e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  39.31 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  38.65 
 
 		 354 aa  182  9.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1030  monosaccharide-transporting ATPase  40.93 
 
 		 341 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  39.31 
 
 		 310 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6344  monosaccharide-transporting ATPase  38.03 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0383311  normal  0.17282 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4097  sugar transport system permease  41.26 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0126  monosaccharide-transporting ATPase  41.26 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4029  ribose ABC transporter, permease protein  41.26 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  39.86 
 
 		 835 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  41.04 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2807  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  41.79 
 
 		 348 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  37.54 
 
 		 345 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1602  monosaccharide-transporting ATPase  39.48 
 
 		 315 aa  175  8e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  40.89 
 
 		 311 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1652  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718181  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  37.68 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  37.23 
 
 		 350 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1712  monosaccharide-transporting ATPase  37.93 
 
 		 345 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0294222 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  34.69 
 
 		 333 aa  173  5e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0210  ribose ABC transporter, permease protein  41.76 
 
 		 339 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  34.37 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  39.86 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0285  carbohydrate ABC transporter permease  42.12 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0196  carbohydrate ABC transporter permease  42.12 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3970  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0265125  normal  0.0124172 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 324 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2222  monosaccharide-transporting ATPase  37.69 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.294 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 350 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2883  inner-membrane translocator  40.27 
 
 		 348 aa  169  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.797919 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3002  inner-membrane translocator  40.89 
 
 		 336 aa  169  7e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1063  monosaccharide-transporting ATPase  41.38 
 
 		 365 aa  169  7e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  35.2 
 
 		 346 aa  169  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 345 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2782  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 342 aa  169  9e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 345 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2826  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 342 aa  169  9e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700859  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2809  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 342 aa  169  9e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0829098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1062  inner-membrane translocator  41.76 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.379015  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1579  sugar ABC transporter permease  40.3 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.827046  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7475  monosaccharide-transporting ATPase  39.86 
 
 		 363 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1542  inner-membrane translocator  41.76 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  37.02 
 
 		 322 aa  169  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  38.49 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4682  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  41.39 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.377068  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1518  monosaccharide-transporting ATPase  41.39 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0853941  normal  0.0193721 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  38.52 
 
 		 342 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4657  Monosaccharide-transporting ATPase  37.78 
 
 		 354 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.629166 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0947  inner-membrane translocator  42.59 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1424  inner-membrane translocator  40.44 
 
 		 345 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  38.52 
 
 		 342 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 		 346 aa  166  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.23 
 
 		 345 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  38.15 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1464  monosaccharide-transporting ATPase  40.44 
 
 		 345 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.987014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0774  inner-membrane translocator  37.96 
 
 		 339 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0308372 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2302  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0887388 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0038  inner-membrane translocator  42.91 
 
 		 319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5134  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  37.57 
 
 		 349 aa  166  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180892  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3523  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 355 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0165  monosaccharide-transporting ATPase  34.65 
 
 		 318 aa  166  8e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  41.52 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1654  ABC transporter permease protein  42.12 
 
 		 344 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2648  inner-membrane translocator  39.36 
 
 		 365 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.456995  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3854  Monosaccharide-transporting ATPase  35.64 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22090  inner-membrane translocator  38.3 
 
 		 308 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0362  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 383 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  36.59 
 
 		 328 aa  164  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  37.46 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5970  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  36.04 
 
 		 360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0370627  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1682  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 336 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0233719  normal  0.330784 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4182  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 341 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5600  ribose transport system permease protein RbsC  40.89 
 
 		 324 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  35.87 
 
 		 345 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2570  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 325 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  36.9 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  38.2 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6473  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 343 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.760723  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  36.9 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6708  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 343 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46964  normal  0.292611 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  36.9 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1962  monosaccharide-transporting ATPase  35.36 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0698409  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4777  Monosaccharide-transporting ATPase  39.78 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  36.16 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6314  monosaccharide-transporting ATPase  37.97 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.359966 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2491  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 405 aa  160  4e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  36.62 
 
 		 333 aa  159  5e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>