More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1962 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1852  ribose ABC transporter, permease protein  99.72 
 
 		 353 aa  680    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1962  monosaccharide-transporting ATPase  100 
 
 		 353 aa  681    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0698409  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  80.06 
 
 		 350 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  77.78 
 
 		 346 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  76.9 
 
 		 346 aa  513  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0362  inner-membrane translocator  76 
 
 		 383 aa  490  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  42.94 
 
 		 354 aa  290  3e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3523  inner-membrane translocator  50.62 
 
 		 355 aa  288  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3637  inner-membrane translocator  50.31 
 
 		 355 aa  279  7e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3061  monosaccharide-transporting ATPase  48.76 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4657  Monosaccharide-transporting ATPase  46.82 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.629166 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3250  ribose ABC transporter, permease protein  47.08 
 
 		 381 aa  263  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0912  ribose ABC transporter permease  46.77 
 
 		 381 aa  262  6.999999999999999e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3384  monosaccharide-transporting ATPase  46.77 
 
 		 381 aa  262  6.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2648  inner-membrane translocator  45.91 
 
 		 365 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.456995  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1063  monosaccharide-transporting ATPase  50.78 
 
 		 365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3767  monosaccharide-transporting ATPase  50.33 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4756  inner-membrane translocator  45.95 
 
 		 354 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0208459  normal  0.704824 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  43.15 
 
 		 322 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  41.21 
 
 		 322 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  41.72 
 
 		 327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  42.51 
 
 		 322 aa  220  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  41.42 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  41.84 
 
 		 322 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  43.99 
 
 		 321 aa  215  9e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  44.13 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  44.13 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  44.13 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  44.13 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  44.13 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.129793 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  44.13 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  42.47 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  44.13 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  44.13 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  40.06 
 
 		 350 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  42.73 
 
 		 321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  42.77 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  42.77 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  42.77 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  42.77 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  42.77 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  40.74 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  45.43 
 
 		 835 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 324 aa  210  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  41.46 
 
 		 324 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  41.77 
 
 		 324 aa  210  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  40.91 
 
 		 322 aa  209  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  45.74 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  45.74 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  40.63 
 
 		 336 aa  206  4e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 320 aa  206  6e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  41.36 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  39.48 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  40.97 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  41.36 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  39.48 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  41.36 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  39.48 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  39.36 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  41.8 
 
 		 334 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  40.29 
 
 		 331 aa  200  3.9999999999999996e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  42.14 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  40.12 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  40.12 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  40.43 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  40.43 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  40.43 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  40.73 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  40.12 
 
 		 311 aa  196  7e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  40.12 
 
 		 311 aa  196  7e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  44.66 
 
 		 313 aa  195  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  43.81 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  38.62 
 
 		 345 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 345 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  39.19 
 
 		 345 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 345 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  40.17 
 
 		 348 aa  192  6e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  38.46 
 
 		 345 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 338 aa  192  7e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  37.26 
 
 		 315 aa  192  1e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  38.79 
 
 		 345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3217  ribose transport system permease protein RbsC  38.84 
 
 		 334 aa  190  4e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.961558  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  41.56 
 
 		 342 aa  189  5.999999999999999e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  39.18 
 
 		 347 aa  189  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2853  inner-membrane translocator  39.7 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  39.08 
 
 		 345 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  40.19 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4009  inner-membrane translocator  38.76 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7475  monosaccharide-transporting ATPase  38.37 
 
 		 363 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0148  Monosaccharide-transporting ATPase  37.27 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  37.54 
 
 		 331 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>