More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5644 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5644  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  100 
 
 		 481 aa  962    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0024  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  50.87 
 
 		 473 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0173306 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3074  GntR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 470 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1588  GntR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 485 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104897  hitchhiker  0.00377444 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4350  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  50.2 
 
 		 509 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.73766 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3668  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  50.63 
 
 		 472 aa  428  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.271515  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  48.27 
 
 		 476 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  47.12 
 
 		 478 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  48.56 
 
 		 471 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5788  GntR family transcriptional regulator  48.58 
 
 		 496 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5559  transcriptional regulator  47.55 
 
 		 498 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3945  transcriptional regulator  50.32 
 
 		 476 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1580  GntR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 505 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4072  GntR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 458 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3915  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 		 444 aa  381  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0753496 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2793  GntR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 444 aa  377  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.102841 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2985  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 444 aa  365  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.12333 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2950  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  44.44 
 
 		 444 aa  364  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.130328  normal  0.0175968 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2919  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  44.44 
 
 		 444 aa  364  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3002  GntR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 444 aa  363  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00227723 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3108  GntR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 444 aa  362  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.552212  normal  0.675979 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0497  GntR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 463 aa  358  1.9999999999999998e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 492 aa  338  9e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  43.47 
 
 		 496 aa  333  6e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3552  transcriptional regulator  43.99 
 
 		 469 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.55949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6135  GntR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 469 aa  318  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6987  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 469 aa  312  9e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0609  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.17 
 
 		 514 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6386  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 470 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.157204 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 501 aa  308  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.36 
 
 		 507 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  39.19 
 
 		 504 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2903  GntR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 497 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4344  GntR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 476 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.266344  normal  0.249969 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6089  transcriptional regulator  43.24 
 
 		 470 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.13 
 
 		 500 aa  302  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 492 aa  300  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  41.09 
 
 		 509 aa  300  4e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 490 aa  297  3e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5851  transcriptional regulator  40.63 
 
 		 520 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2189  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 499 aa  287  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199182  hitchhiker  0.00899301 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  36.28 
 
 		 497 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 492 aa  285  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.04 
 
 		 489 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4617  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 516 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5145  transcriptional regulator  40.77 
 
 		 516 aa  282  9e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.28 
 
 		 497 aa  282  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3109  GntR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 502 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.04 
 
 		 503 aa  280  3e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5258  GntR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 502 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3960  transcriptional regulator  39.87 
 
 		 586 aa  280  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0473267 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 509 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3456  transcriptional regulator  42.64 
 
 		 501 aa  279  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  33.78 
 
 		 470 aa  278  2e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.32 
 
 		 501 aa  278  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 492 aa  278  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.73 
 
 		 495 aa  278  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4112  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 495 aa  277  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 509 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5015  transcriptional regulator  41.68 
 
 		 502 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.301985  normal  0.695664 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 511 aa  277  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 507 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 507 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 507 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0395  GntR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 497 aa  277  4e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382669 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  36.64 
 
 		 488 aa  277  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3858  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.58 
 
 		 491 aa  277  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 507 aa  276  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  37.3 
 
 		 508 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0348  GntR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 495 aa  276  7e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2817  transcriptional regulator  38.91 
 
 		 487 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.151028  normal  0.354487 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 496 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 503 aa  274  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3492  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 473 aa  274  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249903  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 509 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1108  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 492 aa  274  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.851329 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  37.72 
 
 		 502 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 506 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 506 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 509 aa  273  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  36.98 
 
 		 523 aa  273  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 506 aa  273  7e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 506 aa  273  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 502 aa  273  7e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 506 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 485 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 506 aa  272  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 501 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 513 aa  272  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 569 aa  272  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 487 aa  272  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.02 
 
 		 501 aa  272  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  41.81 
 
 		 481 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1062  MocR family transcriptional regulator  39 
 
 		 473 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.66 
 
 		 515 aa  270  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.11 
 
 		 485 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  40.63 
 
 		 491 aa  270  5.9999999999999995e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6170  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.39 
 
 		 523 aa  269  7e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4478  GntR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 488 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728897  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3888  GntR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 488 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.490049  normal  0.865641 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>