More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0609 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0609  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  100 
 
 		 514 aa  1043    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 496 aa  340  5e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  39.19 
 
 		 509 aa  313  6.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3074  GntR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 470 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3945  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 476 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  38 
 
 		 502 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 509 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 506 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 506 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 502 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 503 aa  302  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.08 
 
 		 504 aa  302  9e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5644  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.1 
 
 		 481 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 502 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 502 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 502 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  37.76 
 
 		 503 aa  301  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0024  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.47 
 
 		 473 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0173306 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 506 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 506 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 506 aa  300  5e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 506 aa  299  6e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3492  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 473 aa  299  8e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249903  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 501 aa  297  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.73 
 
 		 501 aa  296  7e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.05 
 
 		 507 aa  296  9e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 485 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 507 aa  295  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  37.92 
 
 		 499 aa  295  2e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.55 
 
 		 501 aa  295  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  34.08 
 
 		 485 aa  293  5e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.08 
 
 		 485 aa  292  8e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  35.52 
 
 		 497 aa  292  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.73 
 
 		 497 aa  292  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  37.03 
 
 		 501 aa  292  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  35.77 
 
 		 511 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3668  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.54 
 
 		 472 aa  291  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.271515  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.02 
 
 		 495 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 507 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37 
 
 		 471 aa  291  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 523 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 507 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 507 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 501 aa  291  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 501 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6170  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.69 
 
 		 523 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 507 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 501 aa  290  6e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 507 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2128  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 564 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1478.1  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 546 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6135  GntR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 469 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0811  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 564 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0495  transcriptional regulator  36.6 
 
 		 561 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.885427  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  36.34 
 
 		 476 aa  287  2.9999999999999996e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 488 aa  287  4e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4619  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 520 aa  287  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.232866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.76 
 
 		 515 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 509 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2793  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 444 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.102841 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1588  GntR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 485 aa  283  6.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104897  hitchhiker  0.00377444 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 513 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3915  transcriptional regulator, GntR family  37.34 
 
 		 444 aa  283  7.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0753496 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.81 
 
 		 489 aa  282  8.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2118  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 562 aa  282  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0506592  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.69 
 
 		 500 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 478 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 490 aa  280  6e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 487 aa  280  6e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 485 aa  279  8e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3552  transcriptional regulator  37.53 
 
 		 469 aa  279  9e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.55949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 521 aa  279  9e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  37.01 
 
 		 506 aa  278  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 492 aa  277  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6386  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 470 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.157204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 492 aa  276  5e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0397  transcriptional regulator  36.6 
 
 		 564 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.493491  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1824  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 564 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3639  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 488 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4478  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 488 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728897  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3888  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 488 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.490049  normal  0.865641 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6987  transcriptional regulator  36.89 
 
 		 469 aa  276  7e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1398  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 502 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.309369  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1480  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 502 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0133  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 502 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0515  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 498 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1071  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 511 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.030835  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 569 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0988  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 502 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2202  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 488 aa  274  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2184  transcriptional regulator, GntR family  34.75 
 
 		 466 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5851  transcriptional regulator  36.1 
 
 		 520 aa  273  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475987  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 509 aa  273  7e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7128  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.81 
 
 		 507 aa  273  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 509 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1890  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 466 aa  272  1e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0766739  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5559  transcriptional regulator  36.55 
 
 		 498 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2116  transcriptional regulator, GntR family  33.89 
 
 		 466 aa  271  2e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 493 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3002  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 444 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00227723 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>