More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5623 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  100 
 
 		 492 aa  1006    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  64.97 
 
 		 475 aa  618  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  43.79 
 
 		 458 aa  323  6e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  39.26 
 
 		 477 aa  311  1e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  39.96 
 
 		 473 aa  294  3e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  38.74 
 
 		 472 aa  287  2.9999999999999996e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  38.68 
 
 		 495 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  38.69 
 
 		 468 aa  265  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  36.23 
 
 		 475 aa  258  2e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  38.94 
 
 		 469 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  35.5 
 
 		 507 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  34.03 
 
 		 472 aa  250  3e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  37.58 
 
 		 487 aa  251  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  35.55 
 
 		 507 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  39.45 
 
 		 475 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  33.62 
 
 		 495 aa  242  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  37.47 
 
 		 471 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  38.98 
 
 		 471 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  35.78 
 
 		 509 aa  240  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  36.19 
 
 		 463 aa  240  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  39.28 
 
 		 469 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  35.06 
 
 		 466 aa  236  7e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  34.76 
 
 		 490 aa  236  8e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  34.85 
 
 		 490 aa  236  9e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  37.23 
 
 		 494 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  37.16 
 
 		 494 aa  234  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1621  amidase  41.31 
 
 		 469 aa  233  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  33.61 
 
 		 480 aa  233  6e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  36.81 
 
 		 494 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  37.07 
 
 		 516 aa  231  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  36.79 
 
 		 494 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  36.79 
 
 		 494 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  36.79 
 
 		 494 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  36.64 
 
 		 516 aa  228  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  36.54 
 
 		 468 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  35.09 
 
 		 483 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  35.65 
 
 		 471 aa  227  5.0000000000000005e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  34.53 
 
 		 494 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  36.76 
 
 		 498 aa  226  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  35.42 
 
 		 479 aa  225  1e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  36.13 
 
 		 486 aa  223  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  35.58 
 
 		 494 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  35.6 
 
 		 475 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  36.26 
 
 		 467 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  37.23 
 
 		 508 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  35.52 
 
 		 474 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  37.66 
 
 		 469 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  37.87 
 
 		 469 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  35.26 
 
 		 522 aa  219  7e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  36.07 
 
 		 473 aa  219  8.999999999999998e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  37.32 
 
 		 507 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  35.19 
 
 		 491 aa  218  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  34.33 
 
 		 496 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  36.65 
 
 		 471 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  37.87 
 
 		 469 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  34.42 
 
 		 492 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  34.26 
 
 		 498 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  32.13 
 
 		 475 aa  211  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  34.16 
 
 		 480 aa  209  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.89 
 
 		 463 aa  209  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  37.45 
 
 		 469 aa  208  2e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  36.25 
 
 		 474 aa  207  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0671  Amidase  35.04 
 
 		 503 aa  206  7e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.378102  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0721  glutamyl-tRNA, putative  30.86 
 
 		 534 aa  206  9e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  32.08 
 
 		 491 aa  205  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.66 
 
 		 485 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  32.35 
 
 		 494 aa  205  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  35.63 
 
 		 535 aa  203  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  33.91 
 
 		 463 aa  203  5e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  32.14 
 
 		 485 aa  203  6e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  35.79 
 
 		 504 aa  203  7e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2332  amidase  32.76 
 
 		 542 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  34.76 
 
 		 507 aa  202  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  33.47 
 
 		 485 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  36.36 
 
 		 472 aa  202  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  33.05 
 
 		 471 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  35.15 
 
 		 521 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  33.47 
 
 		 468 aa  201  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  34.17 
 
 		 485 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1543  Amidase  36.27 
 
 		 477 aa  200  5e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00658018  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1360  amidase  32.34 
 
 		 466 aa  200  6e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267228  hitchhiker  0.0000102639 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  32.79 
 
 		 499 aa  200  6e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  33.7 
 
 		 461 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  31.52 
 
 		 470 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.48 
 
 		 486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  32.84 
 
 		 556 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  32.56 
 
 		 470 aa  198  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.61 
 
 		 485 aa  197  3e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  34.13 
 
 		 469 aa  197  3e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.08 
 
 		 486 aa  197  3e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  32.7 
 
 		 485 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  32.98 
 
 		 469 aa  197  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0559  amidase  35.68 
 
 		 468 aa  197  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.65 
 
 		 491 aa  197  5.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  38.85 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  30.8 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  35.26 
 
 		 506 aa  196  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  31.22 
 
 		 470 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  36.46 
 
 		 469 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  31.76 
 
 		 473 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>