More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5240 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 227 aa  467  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 223 aa  89.4  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1711  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.968918  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 262 aa  85.1  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  28.72 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 217 aa  81.6  0.000000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.57 
 
 		 238 aa  78.2  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 225 aa  78.2  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5376  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0423654  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  33.14 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2967  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  41.98 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.11 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 237 aa  75.1  0.0000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0318  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0596  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0855585 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2549  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000803432  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 267 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2643  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.577807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  28.38 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.07 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.07 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4215  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162899  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0537  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0745569  normal  0.0258493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  28.65 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 240 aa  72  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 218 aa  72  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  28.71 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 256 aa  72  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 		 223 aa  71.6  0.000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3853  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  30.77 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3953  transcriptional regulator, GntR family  27.66 
 
 		 223 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0341  transcriptional regulator, GntR family  26 
 
 		 217 aa  70.9  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220517  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  30.97 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1419  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.17694 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 		 219 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  29.47 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  26.63 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  30.54 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  27.22 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>