More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4823 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4823  citrate synthase  100 
 
 		 261 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0799  citrate synthase  89.88 
 
 		 261 aa  433  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5380  citrate synthase  82.95 
 
 		 261 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4697  citrate synthase  58 
 
 		 259 aa  279  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0986  citrate synthase  59.6 
 
 		 259 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.879919 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4477  citrate synthase  48.37 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  41.15 
 
 		 261 aa  175  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6318  citrate synthase  40.65 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  37.86 
 
 		 262 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1194  citrate synthase  37.4 
 
 		 267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5653  citrate synthase  36.1 
 
 		 268 aa  145  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0675936  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4268  citrate synthase  39.75 
 
 		 265 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4677  citrate synthase  40.17 
 
 		 257 aa  145  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4946  citrate synthase  40.17 
 
 		 252 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.094047  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  32.93 
 
 		 259 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2022  citrate synthase  33.85 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.275146  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0045  citrate synthase  35.22 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1379  citrate synthase  29.69 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  28.76 
 
 		 255 aa  101  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6294  citrate synthase  30.6 
 
 		 302 aa  95.1  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2728  citrate synthase  27.83 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1832  Citrate synthase  32.11 
 
 		 289 aa  89.4  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0399593  normal  0.514801 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  28.64 
 
 		 254 aa  85.5  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4144  citrate synthase  28.76 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00479182  normal  0.482128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4959  citrate synthase  28.45 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4826  citrate synthase  30.13 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538489  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4159  citrate synthase  29.6 
 
 		 275 aa  78.2  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4153  citrate synthase  31.11 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4041  citrate synthase  31.11 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2128  citrate synthase  26.32 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  28.64 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6289  citrate synthase  28.24 
 
 		 270 aa  68.6  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  28.05 
 
 		 277 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1189  Citrate (Si)-synthase  28.9 
 
 		 395 aa  66.6  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0447  Citrate synthase-like protein  25 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000621018  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  27.27 
 
 		 373 aa  62  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.28 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0848  Citrate (Si)-synthase  29.91 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.86 
 
 		 375 aa  61.2  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2452  citrate synthase  32.98 
 
 		 410 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000202962 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1063  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.67 
 
 		 393 aa  59.3  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6374  citrate synthase  29.68 
 
 		 413 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.154136 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1786  citrate synthase  24.67 
 
 		 373 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1752  citrate synthase  24.67 
 
 		 373 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.206255  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2420  Citrate synthase  26.26 
 
 		 481 aa  58.2  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3278  citrate synthase  24.41 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.312589  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0550  citrate synthase  33.87 
 
 		 414 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0425635 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2141  Citrate (Si)-synthase  29.27 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.636674  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4951  citrate synthase  31.1 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3209  citrate synthase  31.1 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0586  citrate synthase  25.49 
 
 		 430 aa  57  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2208  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.98 
 
 		 374 aa  57  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.539974  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0797  citrate lyase, subunit 2  24.22 
 
 		 610 aa  57  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0781  citrate synthase  34.2 
 
 		 545 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1258  citrate synthase  23.87 
 
 		 373 aa  56.2  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2288  2-methylcitrate synthase  24.76 
 
 		 375 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.037213  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1570  citrate (Si)-synthase  25.49 
 
 		 430 aa  56.2  0.0000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00021591  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0260  citrate synthase I  23.81 
 
 		 426 aa  56.2  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.419168  normal  0.11552 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  25.63 
 
 		 380 aa  56.2  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2582  citrate synthase  31.94 
 
 		 410 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11188  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1523  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.9 
 
 		 379 aa  56.2  0.0000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0281  citrate synthase  24.63 
 
 		 378 aa  55.8  0.0000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.160338  normal  0.143922 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1090  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  26.02 
 
 		 610 aa  55.8  0.0000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02436  ATP citrate lyase, subunit 1, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10650)  24.89 
 
 		 655 aa  55.5  0.0000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4723  methylcitrate synthase  24.51 
 
 		 375 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4908  citrate synthase  31.55 
 
 		 397 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1351  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  24.75 
 
 		 610 aa  55.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4089  citrate synthase  26.77 
 
 		 389 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1008  citrate synthase  29.38 
 
 		 429 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.115669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0072  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.9 
 
 		 372 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4145  citrate synthase  30.34 
 
 		 395 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.017146  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6077  citrate synthase  31.22 
 
 		 413 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2335  methylcitrate synthase  24.56 
 
 		 375 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218689  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1393  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  24.5 
 
 		 610 aa  53.5  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.025075  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1760  citrate synthase  29.03 
 
 		 374 aa  53.5  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0622  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  22.48 
 
 		 367 aa  53.5  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0115525  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0647  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  22.48 
 
 		 367 aa  53.5  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.029125  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53950  methylcitrate synthase  24.02 
 
 		 375 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3435  methylcitrate synthase  24.56 
 
 		 375 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.01089  normal  0.171025 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3511  methylcitrate synthase  26.9 
 
 		 390 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.106101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1936  methylcitrate synthase  24.12 
 
 		 375 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.686847  hitchhiker  0.000000858753 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1776  methylcitrate synthase  23.65 
 
 		 375 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549839  hitchhiker  0.000461346 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2086  methylcitrate synthase  23.81 
 
 		 375 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440425  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7229  citrate synthase 2  23.72 
 
 		 364 aa  52.8  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  29.5 
 
 		 362 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3036  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.42 
 
 		 382 aa  52.8  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1665  citrate synthase  24.63 
 
 		 378 aa  52.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0723  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.87 
 
 		 382 aa  52.4  0.000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517524  normal  0.584309 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4709  citrate synthase  23.53 
 
 		 382 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000257504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4704  citrate synthase  23.53 
 
 		 382 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842149  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4323  citrate synthase  23.53 
 
 		 371 aa  52.4  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4335  citrate synthase  23.53 
 
 		 371 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4720  citrate synthase  23.53 
 
 		 382 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0081  citrate synthase 2  24.07 
 
 		 369 aa  52.4  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0845  citrate synthase  27.96 
 
 		 390 aa  52.4  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.627781  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4488  citrate synthase  23.53 
 
 		 371 aa  52  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0621  methylcitrate synthase  27.37 
 
 		 383 aa  52  0.000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4839  citrate synthase  23.53 
 
 		 371 aa  52  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1270  citrate synthase I  25.79 
 
 		 440 aa  52  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4725  citrate synthase  23.53 
 
 		 371 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>