More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3312 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3312  Transketolase central region  100 
 
 		 332 aa  680    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4275  transketolase central region  79.52 
 
 		 338 aa  550  1e-155  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1462  transketolase subunit B  78.01 
 
 		 332 aa  539  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.304967 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6139  Transketolase central region  75.69 
 
 		 332 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3269  transketolase subunit B  75.15 
 
 		 337 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5275  transketolase, central region  72.89 
 
 		 335 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2718  transketolase subunit B  71.9 
 
 		 340 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3003  transketolase central region  75.54 
 
 		 340 aa  503  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0727  transketolase central region  76.69 
 
 		 335 aa  503  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2613  transketolase central region  70.48 
 
 		 333 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0875571  normal  0.474338 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2744  transketolase central region  73.93 
 
 		 342 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0728122  normal  0.0592981 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2092  transketolase central region  74.14 
 
 		 339 aa  497  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2367  Transketolase central region  74.14 
 
 		 339 aa  497  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  0.0327946 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4778  transketolase subunit B  71.21 
 
 		 332 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1539  transketolase central region  72.31 
 
 		 348 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4991  transketolase central region  71.82 
 
 		 332 aa  495  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0261  Transketolase central region  72.59 
 
 		 339 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.885505 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4930  transketolase central region  70.61 
 
 		 332 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6255  transketolase central region  70.3 
 
 		 332 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.156319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6422  transketolase, central region  70.61 
 
 		 332 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4411  transketolase, central region  70.61 
 
 		 332 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0682016 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6657  transketolase, central region  70.61 
 
 		 332 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5878  transketolase central region  69.88 
 
 		 333 aa  490  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4383  Transketolase central region  72.31 
 
 		 342 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0967269  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0718  transketolase, central region  68.56 
 
 		 334 aa  475  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2699  transketolase subunit B  74.22 
 
 		 288 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3641  transketolase, central region  62.35 
 
 		 334 aa  441  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3618  transketolase subunit B  63.49 
 
 		 331 aa  435  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189872  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1717  Transketolase central region  63 
 
 		 347 aa  422  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3958  transketolase subunit B  60.94 
 
 		 340 aa  412  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.158278  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0406  Transketolase central region  61.06 
 
 		 343 aa  403  1e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2506  Transketolase central region  60.62 
 
 		 343 aa  389  1e-107  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.165482 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3347  Transketolase central region  60.25 
 
 		 331 aa  387  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.027962  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1713  transketolase central region  43.59 
 
 		 332 aa  269  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.548893  normal  0.0621953 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0969  transketolase, central region  43.61 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86113  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0901  transketolase, central region  41.39 
 
 		 336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0975  Transketolase central region  40.85 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127122  normal  0.063318 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0873  Transketolase central region  40.27 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.199119  hitchhiker  0.00317558 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1860  Transketolase central region  45.02 
 
 		 321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1895  transketolase, C-terminal subunit  40.2 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759771 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1130  transketolase central region  40 
 
 		 336 aa  229  7e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4744  Transketolase central region  42.42 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0244  Transketolase central region  38.46 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.304733  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1505  transketolase central region  36.79 
 
 		 314 aa  226  4e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0385912  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2213  transketolase subunit B  39.05 
 
 		 317 aa  226  4e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000528401  hitchhiker  0.000741425 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1192  transketolase-like  39.33 
 
 		 327 aa  226  6e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101787  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0438  transketolase central region  36.79 
 
 		 312 aa  226  6e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0397028  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0874  Transketolase central region  38.14 
 
 		 326 aa  223  3e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1170  transketolase subunit B  38.83 
 
 		 326 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000103125  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1286  transketolase-like  39.48 
 
 		 327 aa  222  7e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.290354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0492  transketolase, central region  41.03 
 
 		 312 aa  222  9e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2935  Transketolase central region  37.58 
 
 		 317 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1381  Transketolase central region  38.26 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1527  Transketolase central region  41.44 
 
 		 319 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0237  transketolase subunit B  45.87 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0183  Transketolase central region  36.98 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1178  Transketolase central region  39.16 
 
 		 327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0058066  normal  0.0131189 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0881  Transketolase central region  38.05 
 
 		 327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000876605  normal  0.0478781 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0365  transketolase central region  35.79 
 
 		 312 aa  219  6e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.556876  normal  0.0129681 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00875  transketolase, C-terminal subunit  37.46 
 
 		 317 aa  219  7e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0280  Transketolase central region  39.46 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0293  putative transketolase, C-terminal subunit  40.14 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0288  transketolase  40.14 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000211069  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0471  transketolase subunit B  36.45 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0285277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0265  Transketolase central region  39.13 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00214892 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3967  Transketolase central region  42.28 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000645501  unclonable  0.000000000133165 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1554  transketolase central region  35.45 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0600642  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2019  Transketolase central region  38.11 
 
 		 320 aa  215  7e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.6126  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2719  transketolase, C-terminal subunit  42.86 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2705  transketolase subunit B  41.91 
 
 		 311 aa  212  7e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194197  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0333  Transketolase central region  37.46 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1173  Transketolase central region  39.6 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000393635  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0244  transketolase-like protein  38.54 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0711  Transketolase central region  40.33 
 
 		 315 aa  211  2e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000202012  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2059  Transketolase central region  37.62 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0470  Transketolase central region  43.48 
 
 		 318 aa  208  9e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4834  transketolase central region  36.75 
 
 		 333 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1792  transketolase subunit B  36.12 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0510195  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0173  Transketolase central region  39.22 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0049  transketolase, central region  37.54 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0860  Transketolase domain protein  39.13 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.476833  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2077  transketolase, central region  43.2 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1878  transketolase subunit B  36.05 
 
 		 312 aa  196  4.0000000000000005e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0552  transketolase subunit B  39.45 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0300  transketolase central region  36.22 
 
 		 324 aa  194  1e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0477096 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3074  transketolase, central region  43.3 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0289222  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09040  transketolase subunit B  37.5 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.28283  normal  0.0525296 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05490  transketolase subunit B  37.62 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.948034 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1078  deoxyxylulose-5-phosphate synthase  34.21 
 
 		 635 aa  185  7e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0303047  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2513  transketolase subunit B  36.3 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1997  Transketolase central region  36.45 
 
 		 321 aa  182  7e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329881 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1923  transketolase domain-containing protein  35.67 
 
 		 315 aa  182  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3129  transketolase domain-containing protein  35.86 
 
 		 322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1775  transketolase, central region  36.82 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1826  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  35.76 
 
 		 659 aa  180  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570269 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2110  transketolase, central region  38.61 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.44874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0415  Transketolase central region  35.03 
 
 		 624 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2235  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  34.75 
 
 		 622 aa  178  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.77755  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09721  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  33.33 
 
 		 628 aa  176  6e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.274515 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4663  transketolase central region  37.27 
 
 		 328 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>