More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2857 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 340 aa  679    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  71.04 
 
 		 333 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  69.49 
 
 		 331 aa  444  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  69.7 
 
 		 332 aa  444  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  66.76 
 
 		 351 aa  441  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  69 
 
 		 349 aa  430  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  65.38 
 
 		 336 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  57.58 
 
 		 379 aa  386  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  57.18 
 
 		 373 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.34 
 
 		 357 aa  276  4e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.69 
 
 		 360 aa  256  6e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  37.46 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.66 
 
 		 368 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.94 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  30.4 
 
 		 377 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  35.99 
 
 		 342 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  33.85 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  34.29 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.13 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.64 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  34.4 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  35 
 
 		 342 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  28.94 
 
 		 373 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  39.83 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  36.81 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  35.14 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  41.23 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  34.81 
 
 		 342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  36.08 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  40.65 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  42.06 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.99 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  34.2 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  42.18 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  34.2 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  34.2 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  39.34 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  38.14 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  38.79 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  39.34 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.65 
 
 		 328 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.69 
 
 		 327 aa  122  8e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  37.92 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.02 
 
 		 331 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  39.26 
 
 		 344 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  36.81 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  36.81 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  36.81 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  36.81 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  36.81 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  36.81 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.1 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.88 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  38.82 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.71 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.46 
 
 		 331 aa  103  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  33.99 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.48 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  33.48 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.84 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.54 
 
 		 363 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  27.67 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.32 
 
 		 363 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.93 
 
 		 321 aa  99.8  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  34.09 
 
 		 336 aa  99.4  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.27 
 
 		 327 aa  98.6  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.05 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  30.23 
 
 		 295 aa  98.6  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  34.23 
 
 		 336 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  32.5 
 
 		 389 aa  97.4  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.2 
 
 		 336 aa  97.1  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.34 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  31.8 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  38.46 
 
 		 378 aa  95.5  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.05 
 
 		 391 aa  94.7  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.09 
 
 		 336 aa  94  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  31.1 
 
 		 320 aa  93.2  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.41 
 
 		 370 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  32.33 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  32.89 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.4 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  32.33 
 
 		 340 aa  91.3  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  32.97 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  32.7 
 
 		 320 aa  90.5  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  32.44 
 
 		 335 aa  90.1  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  27.59 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.14 
 
 		 318 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.14 
 
 		 318 aa  89.4  8e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  30.24 
 
 		 390 aa  88.6  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.9 
 
 		 553 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.93 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.14 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  35.75 
 
 		 394 aa  88.2  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.74 
 
 		 318 aa  87.8  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  35.32 
 
 		 388 aa  87.4  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.54 
 
 		 335 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.2 
 
 		 690 aa  87  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  33.8 
 
 		 399 aa  87.4  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>