More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0817 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
270 aa  551  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6063  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.59 
 
 
244 aa  384  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6052  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.82 
 
 
244 aa  367  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110774  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3907  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.6 
 
 
242 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180445  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.39 
 
 
242 aa  368  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.68 
 
 
298 aa  361  6e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.18326  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.23 
 
 
243 aa  358  5e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.41 
 
 
246 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.79 
 
 
246 aa  352  2.9999999999999997e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.495414  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.77 
 
 
243 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.36 
 
 
243 aa  348  5e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.477245  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2881  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  73.36 
 
 
243 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.959841  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.95 
 
 
242 aa  347  1e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100527  hitchhiker  0.00000000000000573842 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.54 
 
 
243 aa  346  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.997812  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0192  putative short chain dehydrogenase  65.32 
 
 
242 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01430  putative short chain dehydrogenase  64.52 
 
 
242 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.5 
 
 
244 aa  278  7e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0912876 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.41 
 
 
243 aa  264  8.999999999999999e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5150  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
245 aa  251  8.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.855408  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
247 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000237685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0314  putative acetoin(diacetyl) reductase  49.79 
 
 
245 aa  238  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.417582  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
245 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
245 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
245 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.167282  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.56 
 
 
245 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.98 
 
 
248 aa  227  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1429  putative short chain dehydrogenase  46.26 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0142778 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.78 
 
 
246 aa  200  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0431623 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0125  putative short-chain dehydrogenase  46.26 
 
 
251 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
236 aa  198  9e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0908  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.45 
 
 
246 aa  193  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.700496  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2436  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.15 
 
 
292 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1166  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.15 
 
 
253 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.932986  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1240  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.15 
 
 
258 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0714  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.74 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1712  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.74 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.595621  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0749  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.74 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.66118  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
246 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1562  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.32 
 
 
278 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
246 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
242 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.73156 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7134  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02694  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G14000)  38.8 
 
 
243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
233 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
232 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.406883 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
233 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.585089  normal  0.589272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0240  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
233 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.377738  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
233 aa  149  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.286182  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.623849  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
233 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03293  conserved hypothetical protein  32.14 
 
 
264 aa  145  5e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00545103 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
251 aa  145  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
233 aa  145  8.000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
233 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.32958  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
233 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0675753 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20677  predicted protein  33.46 
 
 
236 aa  123  4e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.732911  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 
260 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.51 
 
 
223 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0806926  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  33.67 
 
 
260 aa  95.5  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  34.45 
 
 
248 aa  95.5  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
260 aa  94.7  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0145  acetoin reductase  28.8 
 
 
258 aa  94.4  2e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000146421  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  33.97 
 
 
248 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00930  conserved hypothetical protein  28 
 
 
252 aa  92.8  5e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  31.63 
 
 
260 aa  92.8  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.66 
 
 
217 aa  92.8  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0937479  normal  0.693303 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 
260 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  31.63 
 
 
260 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  31.02 
 
 
241 aa  88.2  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 
248 aa  87.8  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.574158  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  30.05 
 
 
258 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
219 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.154876 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
253 aa  87.8  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429944  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  28.09 
 
 
259 aa  87  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  30.05 
 
 
258 aa  86.3  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  32.86 
 
 
248 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  30.05 
 
 
258 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 
239 aa  86.3  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  28.29 
 
 
265 aa  85.9  6e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  31.95 
 
 
248 aa  85.9  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  26.87 
 
 
236 aa  85.9  7e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5527  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.52 
 
 
260 aa  85.5  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711158  normal  0.0192619 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  30.8 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1449  acetoin reductase  31.67 
 
 
257 aa  84  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000100161  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
248 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
258 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  29.02 
 
 
258 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 
249 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.69 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0425184  normal  0.202978 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 
259 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.71 
 
 
257 aa  82  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2028  acetoin reductase  31.89 
 
 
256 aa  82.4  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  28.79 
 
 
261 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 
249 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
283 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>