More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0234 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0234  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  100 
 
 		 359 aa  746    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0473  extracellular solute-binding protein  34.35 
 
 		 345 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.868769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0822  extracellular solute-binding protein family 1  32.24 
 
 		 371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1238  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.5 
 
 		 364 aa  155  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.102746 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 		 396 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 		 396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.13 
 
 		 357 aa  123  5e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.62 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.85 
 
 		 355 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  29.69 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.6 
 
 		 358 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  26.44 
 
 		 349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  29.41 
 
 		 367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 370 aa  109  7.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.65 
 
 		 369 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 364 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.32 
 
 		 363 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  26.63 
 
 		 364 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 401 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  27 
 
 		 365 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 364 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.82 
 
 		 356 aa  102  1e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.3 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  28.2 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  27 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  27.22 
 
 		 357 aa  101  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  30.72 
 
 		 365 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 374 aa  100  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 		 365 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2802  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 355 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121875  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 365 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.76 
 
 		 363 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  22.29 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 375 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 		 366 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 365 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  26.99 
 
 		 400 aa  98.6  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 		 359 aa  97.4  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 357 aa  97.4  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 364 aa  97.4  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  27.11 
 
 		 350 aa  97.1  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 353 aa  97.1  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  22.61 
 
 		 340 aa  96.7  6e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.12 
 
 		 372 aa  95.9  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 354 aa  95.1  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 		 345 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.68 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.02 
 
 		 359 aa  94.4  3e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 		 349 aa  94  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 		 349 aa  94  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2513  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 359 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 		 349 aa  94  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  27.22 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 		 349 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 		 345 aa  93.6  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 		 345 aa  93.6  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 366 aa  93.6  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 363 aa  93.6  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 364 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 366 aa  93.6  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 371 aa  93.2  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 371 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 371 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  26.86 
 
 		 346 aa  93.2  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 371 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 375 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4255  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 344 aa  92.8  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00000172827  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  25.71 
 
 		 345 aa  92.4  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  27.54 
 
 		 369 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.39 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1241  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.447743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 361 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.33 
 
 		 349 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 350 aa  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  25.71 
 
 		 345 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 349 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.49 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 366 aa  90.5  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 361 aa  90.5  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  25.75 
 
 		 382 aa  90.1  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  25.75 
 
 		 366 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3798  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 342 aa  90.1  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal  0.354571 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24 
 
 		 349 aa  89.7  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 366 aa  89.4  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.79 
 
 		 369 aa  89.7  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 365 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.79 
 
 		 391 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 387 aa  89  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>