More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2513 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2785  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  86.35 
 
 		 359 aa  655    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0573918  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2513  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 359 aa  739    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  60.89 
 
 		 361 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  59.09 
 
 		 359 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  59.38 
 
 		 359 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0917  extracellular solute-binding protein  60.47 
 
 		 359 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0241526  normal  0.315569 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  56.47 
 
 		 363 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  59.3 
 
 		 359 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  56.2 
 
 		 363 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  51.53 
 
 		 363 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  51.25 
 
 		 363 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  50.97 
 
 		 401 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.97 
 
 		 364 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  51.25 
 
 		 364 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  50.97 
 
 		 364 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  52.66 
 
 		 374 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  52.49 
 
 		 364 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  51.39 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  52.35 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  50.28 
 
 		 366 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  50.71 
 
 		 375 aa  378  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  51.76 
 
 		 365 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  48.2 
 
 		 362 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  50.73 
 
 		 365 aa  375  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  48.86 
 
 		 366 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  47.37 
 
 		 367 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.06 
 
 		 365 aa  371  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.31 
 
 		 369 aa  371  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  49.44 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  48.86 
 
 		 366 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  48.58 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  48.86 
 
 		 366 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  47.65 
 
 		 367 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.74 
 
 		 369 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  48.32 
 
 		 365 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  49.14 
 
 		 366 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  48.73 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  48.73 
 
 		 362 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  46.94 
 
 		 365 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  49.01 
 
 		 362 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 366 aa  368  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  51.36 
 
 		 366 aa  363  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 		 387 aa  363  2e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 		 387 aa  363  2e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 		 387 aa  363  2e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  48.16 
 
 		 362 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  48.3 
 
 		 366 aa  363  3e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  48.22 
 
 		 367 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  49.72 
 
 		 366 aa  361  1e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  46.13 
 
 		 367 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  46.13 
 
 		 367 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  45.68 
 
 		 367 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 		 370 aa  359  5e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  46.67 
 
 		 366 aa  358  6e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.92 
 
 		 369 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  47.16 
 
 		 366 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  48.28 
 
 		 367 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.31 
 
 		 369 aa  355  5.999999999999999e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.31 
 
 		 369 aa  355  5.999999999999999e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.31 
 
 		 369 aa  355  5.999999999999999e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  47.91 
 
 		 364 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.17 
 
 		 370 aa  355  7.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.75 
 
 		 371 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.75 
 
 		 371 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.75 
 
 		 371 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.32 
 
 		 370 aa  354  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.09 
 
 		 369 aa  353  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  47.56 
 
 		 366 aa  353  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.75 
 
 		 371 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  48.21 
 
 		 371 aa  354  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  45.13 
 
 		 364 aa  353  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  47.32 
 
 		 370 aa  352  5e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.32 
 
 		 370 aa  352  5e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.32 
 
 		 370 aa  352  5e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.32 
 
 		 370 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.32 
 
 		 370 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  47.32 
 
 		 370 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.32 
 
 		 370 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.61 
 
 		 371 aa  351  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  45.9 
 
 		 369 aa  350  2e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.04 
 
 		 370 aa  350  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  47.8 
 
 		 365 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  47.21 
 
 		 365 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  46.33 
 
 		 365 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  46.33 
 
 		 365 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.98 
 
 		 369 aa  345  5e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  45.63 
 
 		 369 aa  345  7e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  46.8 
 
 		 368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  47.98 
 
 		 371 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  48.49 
 
 		 365 aa  333  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  45.76 
 
 		 368 aa  333  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  45.86 
 
 		 370 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  45.83 
 
 		 366 aa  333  3e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  44.64 
 
 		 369 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  43.86 
 
 		 371 aa  331  9e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  45.17 
 
 		 371 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  45.03 
 
 		 372 aa  328  7e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  44.51 
 
 		 369 aa  328  7e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  45.51 
 
 		 371 aa  328  7e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  45.51 
 
 		 371 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>