53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmz1t_3905 on replicon NC_011662
Organism: Thauera sp. MZ1T



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  100 
 
 		 126 aa  248  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  56 
 
 		 125 aa  140  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  54.47 
 
 		 126 aa  140  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  56.03 
 
 		 126 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  48.8 
 
 		 126 aa  124  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  45.6 
 
 		 125 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  50.86 
 
 		 124 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  50.85 
 
 		 126 aa  116  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  50.43 
 
 		 401 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  50.43 
 
 		 127 aa  114  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  43.8 
 
 		 123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  50 
 
 		 119 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  47.46 
 
 		 128 aa  111  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  44.44 
 
 		 123 aa  110  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 		 125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  42.61 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  41.88 
 
 		 121 aa  100  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  42.86 
 
 		 125 aa  99.8  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  41.32 
 
 		 125 aa  99  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 125 aa  98.2  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  43.97 
 
 		 127 aa  96.3  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  38.46 
 
 		 118 aa  90.5  7e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  37.39 
 
 		 120 aa  90.5  7e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  36.52 
 
 		 117 aa  89.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  36.89 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  44.74 
 
 		 127 aa  85.5  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  36.97 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  35.25 
 
 		 140 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  34.75 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  33.61 
 
 		 152 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  36.61 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 409 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  32.48 
 
 		 131 aa  66.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 148 aa  60.5  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  32.48 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.83 
 
 		 334 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  31.36 
 
 		 142 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  31.36 
 
 		 142 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  31.36 
 
 		 142 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  30.51 
 
 		 142 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  30.51 
 
 		 142 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  21.85 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  26.6 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  32 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  23.68 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  23.68 
 
 		 157 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  27.19 
 
 		 143 aa  42  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  36.54 
 
 		 80 aa  40.8  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>