154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2682 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  100 
 
 		 400 aa  820    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  41.27 
 
 		 429 aa  284  1.0000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  34.1 
 
 		 448 aa  255  8e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  42.16 
 
 		 462 aa  229  8e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  46.34 
 
 		 474 aa  193  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.5 
 
 		 441 aa  189  8e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  47.8 
 
 		 444 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  35.29 
 
 		 461 aa  182  7e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  28.46 
 
 		 415 aa  164  3e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  30.17 
 
 		 439 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 		 407 aa  155  1e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 		 395 aa  137  4e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  40.72 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  40.36 
 
 		 354 aa  131  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  30.56 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  38.99 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  31.45 
 
 		 453 aa  123  4e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.47 
 
 		 443 aa  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  34.56 
 
 		 458 aa  122  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  29.41 
 
 		 487 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  33.18 
 
 		 432 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  31.79 
 
 		 464 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.53 
 
 		 453 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  29.43 
 
 		 448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  38.74 
 
 		 439 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  31.86 
 
 		 461 aa  113  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.06 
 
 		 456 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  30 
 
 		 458 aa  109  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.47 
 
 		 422 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  29.18 
 
 		 431 aa  108  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  30.48 
 
 		 438 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  25.4 
 
 		 457 aa  106  6e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  26.59 
 
 		 419 aa  106  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.29 
 
 		 427 aa  104  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  33 
 
 		 474 aa  103  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  31.47 
 
 		 457 aa  103  6e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  31.37 
 
 		 416 aa  102  9e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  30.26 
 
 		 456 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  25.49 
 
 		 388 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.17 
 
 		 445 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  31.94 
 
 		 437 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  26.21 
 
 		 413 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.53 
 
 		 442 aa  98.2  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  32.37 
 
 		 436 aa  97.1  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  30.1 
 
 		 446 aa  94.7  2e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  29.29 
 
 		 428 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.12 
 
 		 378 aa  91.3  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  29.04 
 
 		 429 aa  90.9  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  24.89 
 
 		 429 aa  90.9  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  28.15 
 
 		 422 aa  89  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  26.42 
 
 		 477 aa  87.8  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  26.01 
 
 		 417 aa  85.5  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.25 
 
 		 462 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.89 
 
 		 473 aa  84.7  0.000000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.82 
 
 		 477 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  29.52 
 
 		 463 aa  83.6  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  21.57 
 
 		 364 aa  83.2  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  28.05 
 
 		 351 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  22.22 
 
 		 447 aa  81.6  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  24.03 
 
 		 441 aa  81.6  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.98 
 
 		 442 aa  82  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  28.95 
 
 		 413 aa  80.9  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  25.27 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  25.27 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  42.53 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  28.9 
 
 		 368 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.21 
 
 		 392 aa  73.9  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  24.47 
 
 		 371 aa  73.9  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  21.39 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.48 
 
 		 390 aa  72.4  0.00000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  28.47 
 
 		 364 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  25.41 
 
 		 430 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  22.57 
 
 		 422 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  23.41 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  35 
 
 		 159 aa  70.5  0.00000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  28.31 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  21.92 
 
 		 401 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  26.61 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.22 
 
 		 417 aa  67.4  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.17 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  23.27 
 
 		 392 aa  66.2  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  29.17 
 
 		 424 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26.92 
 
 		 442 aa  66.2  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  26.06 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  23.2 
 
 		 407 aa  65.1  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.92 
 
 		 373 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  27.71 
 
 		 799 aa  64.7  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  24.52 
 
 		 501 aa  64.3  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 		 412 aa  63.5  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  21.63 
 
 		 416 aa  63.2  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 		 290 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.64 
 
 		 386 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  27.75 
 
 		 402 aa  61.2  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  24.42 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.45 
 
 		 435 aa  60.8  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  25.62 
 
 		 547 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 374 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.56 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>