More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1984 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1984  ABC transporter related  100 
 
 
619 aa  1248    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.434554  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1889  ABC transporter related  52.16 
 
 
590 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.19709  normal  0.932579 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2019  ABC transporter related  52.23 
 
 
590 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.990408 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0246  ABC lipid efflux transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  51.99 
 
 
590 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0730  ABC transporter related  51.12 
 
 
579 aa  586  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264899  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.42 
 
 
602 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.98 
 
 
572 aa  353  5.9999999999999994e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  35.47 
 
 
618 aa  353  7e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.57 
 
 
585 aa  352  1e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  35.13 
 
 
601 aa  349  7e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  33.56 
 
 
589 aa  348  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  35.51 
 
 
571 aa  346  7e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.22 
 
 
580 aa  345  2e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.34 
 
 
580 aa  342  1e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  33.57 
 
 
579 aa  341  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  32.17 
 
 
582 aa  339  8e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  35.41 
 
 
571 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.19 
 
 
574 aa  334  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.19 
 
 
574 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  37.14 
 
 
609 aa  334  3e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.57 
 
 
577 aa  334  3e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37.31 
 
 
609 aa  331  3e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.58 
 
 
583 aa  331  3e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.2 
 
 
591 aa  329  9e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  34.6 
 
 
605 aa  327  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.8 
 
 
600 aa  327  3e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.95 
 
 
587 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  35.46 
 
 
611 aa  327  5e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4587  ABC transporter related  36.59 
 
 
587 aa  324  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.156364  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2996  ABC transporter related  38.29 
 
 
596 aa  324  4e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.637483  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  35.11 
 
 
611 aa  323  6e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0591  ABC transporter-related protein  33.09 
 
 
566 aa  323  7e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5589  ABC transporter related  37.74 
 
 
586 aa  319  9e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239787  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  32.81 
 
 
588 aa  317  3e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  33.85 
 
 
627 aa  317  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2874  ABC transporter related  37.35 
 
 
597 aa  317  5e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.57438  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3100  ABC transporter related  37.35 
 
 
597 aa  317  5e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.87066  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  34.19 
 
 
611 aa  316  7e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  33.63 
 
 
593 aa  315  9.999999999999999e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  37.48 
 
 
598 aa  315  9.999999999999999e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  35.69 
 
 
611 aa  314  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  35.17 
 
 
601 aa  312  9e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.1 
 
 
587 aa  312  9e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  35.55 
 
 
600 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  36.38 
 
 
600 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  34.15 
 
 
592 aa  311  2.9999999999999997e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.41 
 
 
587 aa  310  5e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  35.47 
 
 
595 aa  310  6.999999999999999e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  35.7 
 
 
595 aa  310  6.999999999999999e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  30.4 
 
 
572 aa  310  6.999999999999999e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1055  ABC transporter related protein  31.07 
 
 
571 aa  309  1.0000000000000001e-82  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2815  ABC transporter related  34.27 
 
 
594 aa  307  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.264488  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1510  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.02 
 
 
628 aa  307  3e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.639878 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1695  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.97 
 
 
623 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.733558  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  30.84 
 
 
586 aa  307  4.0000000000000004e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2307  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.97 
 
 
583 aa  306  6e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  35.65 
 
 
601 aa  306  7e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.31 
 
 
594 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.15 
 
 
594 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0115  ABC transporter related  33.73 
 
 
609 aa  306  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0637  ABC transporter related  34.09 
 
 
588 aa  305  1.0000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  36.04 
 
 
600 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3027  ABC transporter related  36.33 
 
 
572 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.344484  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2346  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.91 
 
 
583 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571332  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2330  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.8 
 
 
593 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273025 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11248  ABC transporter, ATP-binding protein  34.22 
 
 
566 aa  304  3.0000000000000004e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  33.22 
 
 
624 aa  304  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  35.34 
 
 
601 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  34.37 
 
 
596 aa  303  5.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6942  ABC transporter ATP-binding protein  35.66 
 
 
619 aa  303  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.676963 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1722  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.93 
 
 
594 aa  303  6.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.031974 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1607  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  35.29 
 
 
590 aa  303  6.000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.343192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5649  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.62 
 
 
583 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4490  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  34.63 
 
 
641 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1982  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.82 
 
 
594 aa  303  8.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2226  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.73 
 
 
593 aa  303  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472493  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0797  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  34.91 
 
 
632 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1461  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  33.51 
 
 
605 aa  302  1e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  31.65 
 
 
574 aa  302  1e-80  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1395  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.45 
 
 
610 aa  301  2e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.507365  hitchhiker  0.000128889 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2746  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  36.06 
 
 
627 aa  301  2e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0546982 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  32.71 
 
 
581 aa  301  2e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  34.91 
 
 
556 aa  301  2e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  34.14 
 
 
600 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4230  ABC transporter related  34.58 
 
 
621 aa  301  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4763  ABC transporter related  33.88 
 
 
591 aa  301  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.116722  normal  0.0159357 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  34.49 
 
 
579 aa  300  5e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1362  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  35.57 
 
 
580 aa  300  6e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0918  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.39 
 
 
616 aa  298  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.624051  normal  0.180079 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2069  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  32.57 
 
 
597 aa  297  3e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2096  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.45 
 
 
616 aa  297  4e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.163444  hitchhiker  0.0014118 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.22 
 
 
582 aa  297  4e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3667  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  34.87 
 
 
608 aa  297  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  32.3 
 
 
588 aa  297  4e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4342  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  33.45 
 
 
639 aa  296  7e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180584  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3016  ABC transporter related  35.49 
 
 
605 aa  296  8e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.520064 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1469  ABC transporter related protein  34.09 
 
 
586 aa  296  8e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3151  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  33.28 
 
 
619 aa  296  8e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3474  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.52 
 
 
596 aa  296  8e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  33.74 
 
 
602 aa  296  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>