More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3499 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  100 
 
 		 323 aa  665    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  91.95 
 
 		 323 aa  613  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  87.27 
 
 		 323 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  85.62 
 
 		 323 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  83.44 
 
 		 324 aa  555  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  82.19 
 
 		 324 aa  554  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  84.06 
 
 		 323 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  84.06 
 
 		 323 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  84.06 
 
 		 323 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  82.81 
 
 		 324 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  82.81 
 
 		 324 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  82.81 
 
 		 324 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  82.81 
 
 		 324 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  79.81 
 
 		 324 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  81.56 
 
 		 324 aa  529  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  68.55 
 
 		 322 aa  431  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  64.78 
 
 		 327 aa  426  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.46 
 
 		 325 aa  421  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  65.72 
 
 		 325 aa  418  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  65.72 
 
 		 325 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  65.51 
 
 		 325 aa  418  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.04 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  65.19 
 
 		 325 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  65.52 
 
 		 326 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  63.64 
 
 		 326 aa  411  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  63.64 
 
 		 326 aa  411  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.76 
 
 		 326 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  63.64 
 
 		 326 aa  411  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  63.95 
 
 		 326 aa  412  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.76 
 
 		 326 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.26 
 
 		 326 aa  413  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  63.64 
 
 		 326 aa  411  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.76 
 
 		 326 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  63.64 
 
 		 326 aa  411  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.26 
 
 		 326 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.76 
 
 		 326 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.76 
 
 		 326 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.15 
 
 		 325 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  63.64 
 
 		 326 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.92 
 
 		 327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  65.31 
 
 		 327 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.07 
 
 		 325 aa  398  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  62.26 
 
 		 325 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  60.52 
 
 		 321 aa  389  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  62.22 
 
 		 324 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  65.35 
 
 		 324 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  59.56 
 
 		 324 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.46 
 
 		 320 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  56.51 
 
 		 352 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  56.51 
 
 		 352 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  56.69 
 
 		 336 aa  360  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.08 
 
 		 313 aa  357  9.999999999999999e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  55.84 
 
 		 315 aa  356  2.9999999999999997e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  55.31 
 
 		 325 aa  355  5e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  58.41 
 
 		 320 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  54.04 
 
 		 327 aa  353  2.9999999999999997e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  56.77 
 
 		 352 aa  352  4e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.56 
 
 		 320 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  55.56 
 
 		 320 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  57.78 
 
 		 320 aa  349  3e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  56.44 
 
 		 329 aa  349  4e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.27 
 
 		 324 aa  348  9e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  55.84 
 
 		 319 aa  346  3e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  54.92 
 
 		 352 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.96 
 
 		 325 aa  344  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  57.53 
 
 		 313 aa  340  2e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.82 
 
 		 333 aa  334  1e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  52.7 
 
 		 319 aa  331  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  53.82 
 
 		 331 aa  330  3e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.41 
 
 		 323 aa  329  3e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.09 
 
 		 323 aa  329  5.0000000000000004e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  54.15 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.59 
 
 		 334 aa  323  2e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.4 
 
 		 321 aa  323  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  55.36 
 
 		 340 aa  321  9.999999999999999e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0193  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.33 
 
 		 319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.341047  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  55.37 
 
 		 327 aa  319  5e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.07 
 
 		 356 aa  309  4e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  52.72 
 
 		 318 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.45 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 		 319 aa  292  5e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  49.83 
 
 		 310 aa  292  5e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  50.8 
 
 		 400 aa  286  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.81 
 
 		 318 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  46.36 
 
 		 321 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  49.84 
 
 		 405 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  49.84 
 
 		 407 aa  281  9e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  45.7 
 
 		 321 aa  281  1e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.05 
 
 		 403 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  49.69 
 
 		 358 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 		 402 aa  280  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  50.31 
 
 		 370 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 		 370 aa  279  6e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  49.2 
 
 		 360 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.03 
 
 		 391 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  49.2 
 
 		 402 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  49.2 
 
 		 402 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  51.15 
 
 		 436 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.48 
 
 		 438 aa  275  9e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  50.99 
 
 		 431 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>