More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3365 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1230  sensor histidine kinase/response regulator TorS  56.23 
 
 		 1025 aa  954    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2801  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.75 
 
 		 1041 aa  1047    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3354  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.72 
 
 		 1020 aa  964    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1152  Hpt sensor hybrid histidine kinase  55.64 
 
 		 1025 aa  966    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3215  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.72 
 
 		 1020 aa  958    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3365  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1009 aa  2036    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1049  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.97 
 
 		 1017 aa  975    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1114  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.07 
 
 		 1017 aa  978    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1992  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.81 
 
 		 999 aa  1101    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.721903  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3532  multi-sensor hybrid histidine kinase  72.08 
 
 		 996 aa  1335    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.403445 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3215  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.09 
 
 		 1030 aa  954    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3345  Hpt sensor hybrid histidine kinase  58.56 
 
 		 1038 aa  1027    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.03 
 
 		 1017 aa  963    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.94198 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0985  sensor histidine kinase/response regulator TorS  46.44 
 
 		 973 aa  700    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.374582 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1826  sensor protein TorS  29.79 
 
 		 1000 aa  376  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.811683  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000317  sensor protein TorS  30.25 
 
 		 987 aa  353  5.9999999999999994e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06119  histidine kinase  29.6 
 
 		 985 aa  339  1.9999999999999998e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0648  sensor protein TorS  29.68 
 
 		 984 aa  327  5e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2131  response regulator, histidine kinase  29.35 
 
 		 958 aa  322  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.739788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 		 1350 aa  219  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2051  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.18 
 
 		 1007 aa  219  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.442026  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 		 1158 aa  214  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2475  sensor histidine kinase/response regulator  29.05 
 
 		 784 aa  211  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1277  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 		 811 aa  209  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2617  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 		 554 aa  210  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 817 aa  209  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 		 903 aa  208  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  33.21 
 
 		 2109 aa  204  7e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 		 764 aa  201  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 		 916 aa  201  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5715  putative two-component sensor  38.08 
 
 		 750 aa  201  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.901003  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3519  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.3 
 
 		 778 aa  201  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3590  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.3 
 
 		 778 aa  201  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.571349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3688  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.3 
 
 		 778 aa  200  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.739542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3626  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.1 
 
 		 778 aa  200  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10996  normal  0.809738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65860  putative two-component sensor  38 
 
 		 770 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.407883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1928  sensor histidine kinase/response regulator  30.39 
 
 		 793 aa  199  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0522  two component sensor kinase/response regulator hybrid  30.95 
 
 		 751 aa  199  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3521  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.1 
 
 		 778 aa  199  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3403  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.57 
 
 		 778 aa  198  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4533  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.57 
 
 		 778 aa  198  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03075  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with ArcA  31.57 
 
 		 778 aa  198  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0497  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.57 
 
 		 778 aa  198  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3506  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.57 
 
 		 778 aa  198  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.648174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03026  hypothetical protein  31.57 
 
 		 778 aa  198  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3698  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.57 
 
 		 778 aa  198  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0490  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.57 
 
 		 778 aa  198  5.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.512879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3560  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.57 
 
 		 778 aa  197  7e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.34 
 
 		 896 aa  197  7e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0577  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 1005 aa  197  9e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0920445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3312  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 		 1226 aa  196  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 		 1199 aa  196  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0544  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 981 aa  196  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.811836  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3645  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.96 
 
 		 777 aa  196  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0208563  normal  0.35837 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.87 
 
 		 846 aa  196  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3445  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.08 
 
 		 717 aa  195  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 		 1199 aa  194  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3728  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 		 750 aa  194  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  35.85 
 
 		 631 aa  194  8e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3786  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 		 606 aa  194  8e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  34.88 
 
 		 1135 aa  193  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1229  hybrid sensory histidine kinase TorS  28.69 
 
 		 904 aa  193  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0346249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1767  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.27 
 
 		 1157 aa  193  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2131  hybrid sensory histidine kinase TorS  28.76 
 
 		 900 aa  193  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 		 932 aa  193  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.88 
 
 		 841 aa  192  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2321  hybrid sensory histidine kinase TorS  28.85 
 
 		 914 aa  193  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00396933  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  37.38 
 
 		 1407 aa  193  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 		 1059 aa  193  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 1124 aa  193  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  32.82 
 
 		 797 aa  192  2e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1628  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 1070 aa  192  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  31.02 
 
 		 968 aa  191  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1110  hybrid sensory histidine kinase TorS  26.16 
 
 		 914 aa  192  4e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00372691  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  32.35 
 
 		 737 aa  191  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 902 aa  191  5e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2602  hybrid sensory histidine kinase TorS  28.69 
 
 		 904 aa  191  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.417001 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1126  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.01 
 
 		 778 aa  191  5.999999999999999e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1104  hybrid sensory histidine kinase TorS  26.16 
 
 		 914 aa  191  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.14 
 
 		 973 aa  191  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00996  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with TorR  26.16 
 
 		 914 aa  190  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.458275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01003  hypothetical protein  26.16 
 
 		 914 aa  190  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.624093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2649  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 		 899 aa  190  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0141024  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 743 aa  190  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.19 
 
 		 781 aa  190  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0533  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.01 
 
 		 778 aa  190  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0807351  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 1596 aa  190  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4574  histidine kinase  34.22 
 
 		 900 aa  190  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643273  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.17 
 
 		 763 aa  190  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.42 
 
 		 1009 aa  190  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0469  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.01 
 
 		 778 aa  190  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.55831  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 		 939 aa  190  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 		 827 aa  189  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 969 aa  189  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3450  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.85 
 
 		 718 aa  189  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000325842 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0811  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.63 
 
 		 724 aa  189  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3242  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 		 980 aa  189  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0658  histidine kinase  32.7 
 
 		 627 aa  189  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.94 
 
 		 873 aa  188  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0307  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.83 
 
 		 789 aa  188  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0739851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>