More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1992 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1230  sensor histidine kinase/response regulator TorS  53.04 
 
 
1025 aa  877    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3354  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.28 
 
 
1020 aa  875    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1152  Hpt sensor hybrid histidine kinase  53.16 
 
 
1025 aa  872    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3215  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.06 
 
 
1020 aa  867    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1049  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.56 
 
 
1017 aa  884    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1114  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.54 
 
 
1017 aa  890    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1992  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
999 aa  2021    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.721903  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3365  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.17 
 
 
1009 aa  1093    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2801  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.28 
 
 
1041 aa  1079    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.87 
 
 
1017 aa  896    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.94198 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3532  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.84 
 
 
996 aa  1065    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.403445 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3215  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.71 
 
 
1030 aa  874    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0985  sensor histidine kinase/response regulator TorS  44.74 
 
 
973 aa  707    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.374582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3345  Hpt sensor hybrid histidine kinase  54.18 
 
 
1038 aa  957    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1826  sensor protein TorS  28.87 
 
 
1000 aa  368  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.811683  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000317  sensor protein TorS  30.65 
 
 
987 aa  361  4e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0648  sensor protein TorS  30.16 
 
 
984 aa  345  2e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2131  response regulator, histidine kinase  30.92 
 
 
958 aa  329  1.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.739788  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06119  histidine kinase  29.31 
 
 
985 aa  322  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2475  sensor histidine kinase/response regulator  31.3 
 
 
784 aa  236  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  31.98 
 
 
2109 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0522  two component sensor kinase/response regulator hybrid  34.04 
 
 
751 aa  221  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1928  sensor histidine kinase/response regulator  30.37 
 
 
793 aa  218  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.33 
 
 
817 aa  217  9e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2051  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.44 
 
 
1007 aa  216  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.442026  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1350 aa  214  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5715  putative two-component sensor  31.28 
 
 
750 aa  214  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.901003  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 
903 aa  213  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 
846 aa  212  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 
1158 aa  212  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65860  putative two-component sensor  33.7 
 
 
770 aa  210  8e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.407883  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5761  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
1204 aa  209  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.122146 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1277  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 
811 aa  209  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2321  hybrid sensory histidine kinase TorS  25.67 
 
 
914 aa  209  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00396933  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 
969 aa  207  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1873  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
923 aa  207  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689502  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.35 
 
 
902 aa  206  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1767  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 
1157 aa  206  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2602  hybrid sensory histidine kinase TorS  25.57 
 
 
904 aa  206  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.417001 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2131  hybrid sensory histidine kinase TorS  25.1 
 
 
900 aa  207  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1229  hybrid sensory histidine kinase TorS  25.47 
 
 
904 aa  206  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0346249  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00996  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with TorR  25.57 
 
 
914 aa  205  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.458275  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1110  hybrid sensory histidine kinase TorS  25.57 
 
 
914 aa  205  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00372691  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01003  hypothetical protein  25.57 
 
 
914 aa  205  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.624093  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1104  hybrid sensory histidine kinase TorS  25.57 
 
 
914 aa  205  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3312  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.16 
 
 
1226 aa  205  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
1691 aa  204  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3747  aerobic respiration control sensor protein ArcB  36.06 
 
 
781 aa  204  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.244728  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
973 aa  204  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 
932 aa  204  9e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2649  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 
899 aa  203  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0141024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.98 
 
 
1596 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0179  histidine kinase  35.31 
 
 
758 aa  203  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3728  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
750 aa  203  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2035  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
750 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.76 
 
 
947 aa  203  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
874 aa  202  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4533  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.16 
 
 
778 aa  202  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
1433 aa  202  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2617  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.23 
 
 
554 aa  202  3e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2178  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.55 
 
 
750 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00477296  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.96 
 
 
763 aa  202  3.9999999999999996e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  34.75 
 
 
631 aa  201  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 
1199 aa  201  7.999999999999999e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.18 
 
 
1124 aa  200  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
765 aa  200  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4574  histidine kinase  33.92 
 
 
900 aa  200  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643273  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3560  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.97 
 
 
778 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03075  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with ArcA  30.97 
 
 
778 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0497  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 
778 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3403  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.97 
 
 
778 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3506  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.97 
 
 
778 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.648174  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0490  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.97 
 
 
778 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.512879 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3698  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.97 
 
 
778 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03026  hypothetical protein  30.97 
 
 
778 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3563  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.92 
 
 
1023 aa  199  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  36.98 
 
 
1407 aa  199  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
916 aa  198  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4342  aerobic respiration control sensor protein ArcB  30.85 
 
 
779 aa  197  7e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3798  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.76 
 
 
864 aa  197  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  32.42 
 
 
968 aa  197  8.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 
781 aa  196  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1062  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 
695 aa  196  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  30.89 
 
 
755 aa  196  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 
803 aa  196  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2101  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
678 aa  195  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.007905  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1719  histidine kinase  36.48 
 
 
1257 aa  195  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0583268  normal  0.402469 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3450  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.31 
 
 
718 aa  195  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000325842 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.4 
 
 
1125 aa  195  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0915  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
822 aa  194  5e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4725  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
614 aa  194  8e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.269083  normal  0.0435637 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2154  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
815 aa  194  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.990707  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01633  aerobic respiration control sensor protein ArcB  29.32 
 
 
784 aa  194  9e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0387  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.32 
 
 
1068 aa  193  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 
743 aa  193  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.75 
 
 
896 aa  194  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1987  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.51 
 
 
767 aa  193  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1948  aerobic respiration control sensor protein ArcB  28.86 
 
 
785 aa  193  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000151303  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0057  histidine kinase  35.48 
 
 
588 aa  193  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000185994 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  35.01 
 
 
1179 aa  193  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>