More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2194 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2194  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
518 aa  1062    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0247365  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  75.59 
 
 
501 aa  730    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.78 
 
 
486 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  60.13 
 
 
495 aa  552  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1941  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.64 
 
 
497 aa  551  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211357  normal  0.0401761 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.55 
 
 
496 aa  271  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.08 
 
 
496 aa  270  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.08 
 
 
496 aa  270  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.58 
 
 
486 aa  266  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.82 
 
 
464 aa  261  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.48 
 
 
477 aa  258  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
496 aa  253  6e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.9 
 
 
485 aa  252  9.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.14 
 
 
471 aa  251  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.1 
 
 
489 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  35.18 
 
 
485 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  34.54 
 
 
485 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.13 
 
 
496 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.13 
 
 
501 aa  245  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.76 
 
 
461 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
472 aa  244  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.83 
 
 
486 aa  244  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
484 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.84 
 
 
477 aa  243  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  34.86 
 
 
499 aa  243  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.42 
 
 
504 aa  243  6e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.33 
 
 
491 aa  243  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.2 
 
 
484 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.99 
 
 
484 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.84 
 
 
484 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.48 
 
 
479 aa  239  9e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.07 
 
 
480 aa  239  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.04 
 
 
504 aa  238  2e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  32.52 
 
 
486 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1686  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.38 
 
 
516 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108559  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.27 
 
 
499 aa  236  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.55 
 
 
495 aa  236  8e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.11 
 
 
486 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.32 
 
 
486 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.65 
 
 
499 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.42 
 
 
495 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.1 
 
 
482 aa  233  6e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.9 
 
 
514 aa  233  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.61 
 
 
510 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.48 
 
 
482 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.1 
 
 
489 aa  233  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.98 
 
 
507 aa  232  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.19 
 
 
471 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.02 
 
 
514 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.69 
 
 
488 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.92 
 
 
492 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.47 
 
 
507 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.47 
 
 
507 aa  231  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.47 
 
 
507 aa  231  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.62 
 
 
481 aa  231  4e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.83 
 
 
478 aa  230  5e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.47 
 
 
507 aa  230  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.36 
 
 
481 aa  230  6e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.18 
 
 
508 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
474 aa  228  2e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.26 
 
 
507 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.75 
 
 
470 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.77 
 
 
493 aa  228  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.84 
 
 
489 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  33.55 
 
 
460 aa  228  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.04 
 
 
508 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  32.89 
 
 
470 aa  228  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.04 
 
 
508 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2510  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.54 
 
 
465 aa  226  6e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0653  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  33.12 
 
 
460 aa  226  7e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.191725  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00533  copper/silver efflux system, outer membrane component  33.55 
 
 
457 aa  226  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.4 
 
 
473 aa  226  8e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00522  hypothetical protein  33.55 
 
 
457 aa  226  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  35.16 
 
 
492 aa  226  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3057  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
457 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  33.33 
 
 
460 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284493  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.77 
 
 
507 aa  224  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3074  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  33.33 
 
 
457 aa  224  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.127852  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0619  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  33.33 
 
 
457 aa  224  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  33.91 
 
 
514 aa  223  7e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
519 aa  223  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.88 
 
 
525 aa  223  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
543 aa  223  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.1 
 
 
472 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2544  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.44 
 
 
467 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.109213  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2254  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.84 
 
 
487 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.68 
 
 
551 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  31.82 
 
 
474 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.68 
 
 
514 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1046  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.68 
 
 
512 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0033  outer membrane efflux protein OprB  31.68 
 
 
512 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  31.68 
 
 
553 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1499  outer membrane efflux protein OprB  31.68 
 
 
512 aa  221  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112473  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1203  outer membrane efflux protein OprB  31.68 
 
 
512 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.21076  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.68 
 
 
514 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.904611  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.19 
 
 
494 aa  221  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1582  outer membrane efflux protein OprB  31.68 
 
 
512 aa  221  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0856  outer membrane efflux protein OprB  31.68 
 
 
514 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0861  outer membrane efflux protein OprB  31.68 
 
 
514 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.89354  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.6 
 
 
501 aa  221  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>