191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6313 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6313  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  100 
 
 		 371 aa  757    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  81.94 
 
 		 371 aa  632  1e-180  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2158  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  82.04 
 
 		 365 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0832  extracellular solute-binding protein  81.77 
 
 		 365 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4483  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  28 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0239147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 338 aa  70.5  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 353 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 347 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 348 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  25.91 
 
 		 349 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 366 aa  60.1  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 368 aa  59.7  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  25.35 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  26.71 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  26.5 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  25.47 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2471  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 390 aa  55.8  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.52 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  29.84 
 
 		 345 aa  55.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.07 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.12 
 
 		 343 aa  55.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 		 349 aa  53.9  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 		 349 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 		 349 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.04 
 
 		 349 aa  53.9  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 		 349 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.33 
 
 		 349 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.23 
 
 		 349 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 355 aa  53.5  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  23.1 
 
 		 343 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4687  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.2 
 
 		 356 aa  52.8  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 362 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.15 
 
 		 353 aa  52.4  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 340 aa  52.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.62 
 
 		 345 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.71 
 
 		 365 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  26.49 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.62 
 
 		 345 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 		 352 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0185  extracellular solute-binding protein family 1  28.71 
 
 		 379 aa  51.6  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 350 aa  51.6  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 345 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 348 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  29.31 
 
 		 346 aa  51.2  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 361 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3454  putative periplasmic solute-binding protein  29.05 
 
 		 337 aa  51.2  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357351  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 341 aa  50.8  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 341 aa  50.8  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  22.35 
 
 		 347 aa  50.8  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 361 aa  50.4  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 342 aa  50.8  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.79 
 
 		 366 aa  50.8  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  22.19 
 
 		 347 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 345 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3071  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 		 353 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1459  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 		 343 aa  50.4  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0283759 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1215  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 		 353 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399502  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 		 353 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1412  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 		 353 aa  50.4  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 		 353 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 		 357 aa  50.4  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 		 357 aa  50.4  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  27.43 
 
 		 346 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1419  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.86 
 
 		 353 aa  50.1  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.52 
 
 		 338 aa  50.1  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 349 aa  49.7  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  22.98 
 
 		 344 aa  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 362 aa  49.7  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.37 
 
 		 383 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7381  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 		 387 aa  49.7  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 365 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 365 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 		 343 aa  49.7  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.49 
 
 		 343 aa  49.3  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 		 374 aa  49.3  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  32.65 
 
 		 343 aa  49.3  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 348 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 346 aa  48.9  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 342 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  27.82 
 
 		 346 aa  48.5  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.16 
 
 		 844 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 348 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 		 371 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 		 345 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 		 346 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  28.08 
 
 		 350 aa  47.8  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 		 367 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 348 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 348 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 348 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.87 
 
 		 367 aa  47  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  26.6 
 
 		 358 aa  47  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1265  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 		 337 aa  47  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 		 342 aa  47  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>