More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6183 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  629  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  83.99 
 
 		 308 aa  529  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  75.65 
 
 		 315 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  76.3 
 
 		 319 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  75.97 
 
 		 310 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  74.76 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  68.11 
 
 		 308 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 304 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 308 aa  387  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  41.78 
 
 		 312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 308 aa  228  9e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.6 
 
 		 334 aa  211  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 303 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 309 aa  195  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  31.35 
 
 		 318 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 345 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 337 aa  136  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.13 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 321 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.44 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.63 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 432 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  31.79 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  28.67 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 301 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  31.67 
 
 		 326 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 318 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 311 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 309 aa  125  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.45 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>