More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5088 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5088  cobalamin B12-binding domain-containing protein  100 
 
 		 153 aa  301  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1854  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.25 
 
 		 137 aa  148  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1673  cobalamin B12-binding domain protein  65.74 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5018  cobalamin B12-binding domain-containing protein  55.04 
 
 		 135 aa  142  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.622944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0538  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  55.04 
 
 		 136 aa  140  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000893241 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0241  cobalamin B12-binding domain protein  55.91 
 
 		 139 aa  140  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2369  methylmalonyl-CoA mutase-like protein  62.62 
 
 		 133 aa  140  9e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.308524  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3654  cobalamin B12-binding domain-containing protein  53.03 
 
 		 135 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.136466 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1541  methylmalonyl-CoA mutase, alpha subunit  59.29 
 
 		 151 aa  138  3e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0770461  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1578  B12-binding protein  50.76 
 
 		 134 aa  137  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.432317  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1715  cobalamin B12-binding domain protein  61.11 
 
 		 139 aa  137  7.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1574  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.11 
 
 		 137 aa  136  7.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0630027 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4204  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.71 
 
 		 134 aa  136  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605014 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3814  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.71 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2692  cobalamin B12-binding domain protein  61.32 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1574  methylmalonyl-CoA mutase-like  49.24 
 
 		 134 aa  135  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000332572  normal  0.305791 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0289  cobalamin B12-binding domain protein  59.46 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1769  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.34 
 
 		 134 aa  135  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00734137  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2128  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.33 
 
 		 172 aa  134  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1910  cobalamin B12-binding domain protein  51.56 
 
 		 134 aa  134  5e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.374857  normal  0.0962097 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0081  cobalamin B12-binding domain protein  56.76 
 
 		 141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2472  cobalamin B12-binding domain protein  60.91 
 
 		 152 aa  131  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2028  cobalamin B12-binding domain protein  56.07 
 
 		 140 aa  131  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.655901  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0587  cobalamin B12-binding domain protein  66.32 
 
 		 135 aa  130  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.901029 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0550  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50.38 
 
 		 133 aa  130  6.999999999999999e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2098  cobalamin B12-binding domain protein  56.07 
 
 		 140 aa  130  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0900  cobalamin B12-binding domain protein  56.03 
 
 		 138 aa  130  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1832  methylmalonyl-CoA mutase  54.63 
 
 		 140 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436511  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4240  cobalamin B12-binding domain protein  50.39 
 
 		 139 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4360  cobalamin B12-binding domain protein  60 
 
 		 138 aa  129  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.36975  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2055  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.27 
 
 		 155 aa  129  1.0000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7994  cobalamin B12-binding domain protein  57.27 
 
 		 135 aa  129  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0457  cobalamin B12-binding domain-containing protein  49.23 
 
 		 133 aa  129  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.364165 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.1 
 
 		 134 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000031654  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2026  cobalamin B12-binding domain-containing protein  48.44 
 
 		 134 aa  128  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000113125  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2691  cobalamin B12-binding domain protein  50.4 
 
 		 134 aa  127  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0118523  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1242  methylmalonyl-CoA mutase  50.78 
 
 		 135 aa  127  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778509 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1487  cobalamin B12-binding domain protein  58.25 
 
 		 135 aa  126  9.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.40083  normal  0.12756 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1989  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.54 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3482  cobalamin B12-binding domain-containing protein  55.77 
 
 		 134 aa  125  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1548  cobalamin B12-binding domain protein  49.6 
 
 		 134 aa  125  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000166361 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2998  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.39 
 
 		 134 aa  124  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.651513  normal  0.0337584 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3825  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  52.85 
 
 		 132 aa  124  5e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438631  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3899  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.85 
 
 		 132 aa  124  5e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3811  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.85 
 
 		 132 aa  124  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0469463  normal  0.0948206 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1359  cobalamin B12-binding domain protein  51.67 
 
 		 128 aa  124  6e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000000000160657  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3987  cobalamin B12-binding domain-containing protein  63.16 
 
 		 137 aa  124  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0195294  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3591  cobalamin B12-binding domain-containing protein  53.54 
 
 		 143 aa  123  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2024  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.62 
 
 		 134 aa  123  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000794891 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0059  cobalamin B12-binding domain protein  55.66 
 
 		 136 aa  123  9e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107152 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1432  methylmalonyl-CoA mutase  51.16 
 
 		 140 aa  123  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.329321 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0318  cobalamin B12-binding domain protein  52.76 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6220  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.1 
 
 		 134 aa  122  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1322  cobalamin B12-binding domain-containing protein  51.2 
 
 		 136 aa  121  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3836  cobalamin B12-binding domain protein  57.27 
 
 		 138 aa  121  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.692162  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2805  cobalamin B12-binding domain protein  55.05 
 
 		 142 aa  121  4e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.069341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0582  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50 
 
 		 133 aa  120  5e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.63 
 
 		 140 aa  120  9e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0044288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3774  cobalamin B12-binding domain protein  48.44 
 
 		 157 aa  119  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137195  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4309  cobalamin B12-binding domain-containing protein  55.56 
 
 		 133 aa  117  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4260  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.13 
 
 		 133 aa  117  7.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0510  cobalamin B12-binding domain protein  51.79 
 
 		 139 aa  116  9.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.736031  normal  0.90311 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  53.64 
 
 		 133 aa  116  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.698998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0377  methylmalonyl-CoA mutase-like  47.29 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.99713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1263  cobalamin B12-binding domain protein  48.44 
 
 		 149 aa  111  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.728671  normal  0.8637 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4641  cobalamin B12-binding domain protein  50 
 
 		 143 aa  110  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.123677 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1173  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  41.04 
 
 		 1106 aa  108  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00593374 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  53.27 
 
 		 714 aa  107  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1292  methylmalonyl-CoA mutase  45.97 
 
 		 714 aa  105  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_004310  BR1190  methylmalonyl-CoA mutase  47.66 
 
 		 712 aa  104  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.942727  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  48.11 
 
 		 714 aa  104  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1197  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  46.83 
 
 		 657 aa  103  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1320  methylmalonyl-CoA mutase  50.47 
 
 		 722 aa  103  7e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5804  methylmalonyl-CoA mutase  50 
 
 		 972 aa  103  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.256305  normal  0.17905 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2479  methylmalonyl-CoA mutase  41.32 
 
 		 732 aa  102  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2199  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  50.47 
 
 		 727 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  45.79 
 
 		 718 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2192  methylmalonyl-CoA mutase  47.66 
 
 		 709 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172259  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0875  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  40.58 
 
 		 1081 aa  102  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.036821 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2001  methylmalonyl-CoA mutase  40.46 
 
 		 714 aa  102  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0867  methylmalonyl-CoA mutase  47.66 
 
 		 709 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  47.17 
 
 		 714 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0776  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  47.17 
 
 		 714 aa  101  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  47.17 
 
 		 714 aa  101  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  47.17 
 
 		 714 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  47.17 
 
 		 714 aa  101  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  42.64 
 
 		 712 aa  101  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  47.17 
 
 		 714 aa  102  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2510  methylmalonyl-CoA mutase  42.31 
 
 		 722 aa  101  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3062  methylmalonyl-CoA mutase  48.08 
 
 		 671 aa  101  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4193  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  46.51 
 
 		 670 aa  100  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.669168  normal  0.90036 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2294  methylmalonyl-CoA mutase  47.17 
 
 		 731 aa  100  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.895743  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1223  methylmalonyl-CoA mutase  46.23 
 
 		 712 aa  100  7e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4006  methylmalonyl-CoA mutase  46.23 
 
 		 716 aa  100  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2891  methylmalonyl-CoA mutase  47.66 
 
 		 716 aa  100  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2300  methylmalonyl-CoA mutase  46.73 
 
 		 709 aa  100  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3075  methylmalonyl-CoA mutase  46.23 
 
 		 714 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6098  methylmalonyl-CoA mutase  41.86 
 
 		 712 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.23929  normal  0.554736 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3106  methylmalonyl-CoA mutase  41.6 
 
 		 661 aa  99.8  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2855  methylmalonyl-CoA mutase  41.27 
 
 		 657 aa  99.8  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>