More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4064 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 285 aa  588  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.95 
 
 		 285 aa  477  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.95 
 
 		 285 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  78.29 
 
 		 285 aa  468  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.89 
 
 		 286 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.79 
 
 		 285 aa  459  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.04 
 
 		 285 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.24 
 
 		 286 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.09 
 
 		 286 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.09 
 
 		 285 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.44 
 
 		 311 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.09 
 
 		 285 aa  441  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.33 
 
 		 285 aa  441  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.68 
 
 		 285 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.68 
 
 		 285 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.33 
 
 		 285 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.63 
 
 		 286 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.28 
 
 		 286 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.23 
 
 		 286 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.37 
 
 		 288 aa  401  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.72 
 
 		 285 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  67.02 
 
 		 288 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.38 
 
 		 288 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.27 
 
 		 286 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 		 288 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.86 
 
 		 298 aa  362  3e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.9 
 
 		 292 aa  362  3e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.7 
 
 		 300 aa  360  1e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.35 
 
 		 285 aa  360  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  60.21 
 
 		 286 aa  359  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.3 
 
 		 285 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.86 
 
 		 285 aa  354  1e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.94 
 
 		 297 aa  352  5.9999999999999994e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.54 
 
 		 285 aa  345  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 		 285 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 		 285 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.81 
 
 		 280 aa  340  1e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 		 295 aa  328  5.0000000000000004e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.64 
 
 		 290 aa  328  7e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.85 
 
 		 293 aa  326  3e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.43 
 
 		 295 aa  325  7e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.29 
 
 		 290 aa  324  8.000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.29 
 
 		 290 aa  324  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.71 
 
 		 295 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.64 
 
 		 293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.25 
 
 		 297 aa  319  3.9999999999999996e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.2 
 
 		 291 aa  315  6e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.04 
 
 		 285 aa  313  1.9999999999999998e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.16 
 
 		 284 aa  312  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5938  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  76.22 
 
 		 206 aa  311  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.43 
 
 		 333 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 		 292 aa  304  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56 
 
 		 288 aa  303  2.0000000000000002e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.21 
 
 		 308 aa  302  4.0000000000000003e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.71 
 
 		 335 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  52.98 
 
 		 297 aa  301  9e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  54.41 
 
 		 288 aa  301  1e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 		 292 aa  299  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.96 
 
 		 339 aa  296  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  53.62 
 
 		 294 aa  295  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  53.62 
 
 		 294 aa  295  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  53.62 
 
 		 294 aa  295  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  53.62 
 
 		 294 aa  295  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  54.74 
 
 		 288 aa  295  7e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  53.62 
 
 		 294 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 		 287 aa  294  1e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.75 
 
 		 285 aa  293  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  50.36 
 
 		 317 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27180  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  52.19 
 
 		 281 aa  293  2e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.25 
 
 		 333 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.65 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 		 288 aa  293  3e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 		 340 aa  292  4e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  53.65 
 
 		 288 aa  292  5e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  53.65 
 
 		 288 aa  292  5e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  50.54 
 
 		 291 aa  292  5e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  53.65 
 
 		 288 aa  292  5e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.59 
 
 		 297 aa  292  5e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  53.65 
 
 		 288 aa  292  5e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.99 
 
 		 298 aa  292  5e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.54 
 
 		 304 aa  291  7e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  53.65 
 
 		 286 aa  291  8e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  52.9 
 
 		 298 aa  291  9e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  52.54 
 
 		 294 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  53.28 
 
 		 288 aa  290  1e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  52.54 
 
 		 294 aa  291  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  52.54 
 
 		 294 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  52.54 
 
 		 294 aa  291  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  52.9 
 
 		 294 aa  290  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  52.55 
 
 		 288 aa  290  2e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.193288 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0691  oxidoreductase  52.17 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3472  oxidoreductase  52.17 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.2 
 
 		 306 aa  289  5.0000000000000004e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.75 
 
 		 287 aa  288  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 		 288 aa  288  6e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0067  Short-chain alcohol dehydrogenase  51.64 
 
 		 296 aa  288  7e-77  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 		 288 aa  288  8e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  51.47 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>