253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3342 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3342  thymidine phosphorylase  100 
 
 		 438 aa  870    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.700488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4177  thymidine phosphorylase  68.74 
 
 		 435 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4465  thymidine phosphorylase  67.82 
 
 		 435 aa  564  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.173869  normal  0.54283 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0265  thymidine phosphorylase  62.07 
 
 		 439 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3657  thymidine phosphorylase  62.65 
 
 		 438 aa  511  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1591  thymidine phosphorylase  56.49 
 
 		 438 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6240  thymidine phosphorylase  56.49 
 
 		 438 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.683278  normal  0.643776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0661  thymidine phosphorylase  54 
 
 		 440 aa  458  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2821  thymidine phosphorylase  53.55 
 
 		 443 aa  456  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.103126  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002630  thymidine phosphorylase  56.66 
 
 		 442 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.957831  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1970  thymidine phosphorylase  53.13 
 
 		 438 aa  454  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.380336  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6716  thymidine phosphorylase  59.35 
 
 		 438 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3226  thymidine phosphorylase  53.55 
 
 		 443 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.547221  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03376  thymidine phosphorylase  55.53 
 
 		 452 aa  449  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1026  thymidine phosphorylase  52.89 
 
 		 443 aa  450  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.890001  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3365  thymidine phosphorylase  53.09 
 
 		 443 aa  448  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.604066  hitchhiker  0.00212197 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1141  thymidine phosphorylase  53.09 
 
 		 443 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000198917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0974  thymidine phosphorylase  54.04 
 
 		 443 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.290566  hitchhiker  0.00118059 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0600  thymidine phosphorylase  54 
 
 		 442 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6660  thymidine phosphorylase  58.5 
 
 		 438 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0180706  normal  0.0516478 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0822  thymidine phosphorylase  53.78 
 
 		 442 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.32908  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1038  thymidine phosphorylase  53.18 
 
 		 443 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.101588  hitchhiker  0.00000000837764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1103  thymidine phosphorylase  53.18 
 
 		 443 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1003  thymidine phosphorylase  52.89 
 
 		 443 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.028852  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2814  thymidine phosphorylase  53.12 
 
 		 443 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000364581  unclonable  0.00000355939 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3229  thymidine phosphorylase  53.09 
 
 		 443 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0875906  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1218  thymidine phosphorylase  52.95 
 
 		 443 aa  442  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3497  thymidine phosphorylase  53.32 
 
 		 440 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3626  thymidine phosphorylase  53.32 
 
 		 440 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0830  thymidine phosphorylase  53.32 
 
 		 471 aa  444  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3047  thymidine phosphorylase  52.19 
 
 		 443 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0184522  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1042  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 443 aa  444  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429173  hitchhiker  0.000000248089 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2865  thymidine phosphorylase  54.99 
 
 		 446 aa  444  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.341006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0620  thymidine phosphorylase  54.59 
 
 		 443 aa  442  1e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3332  thymidine phosphorylase  54 
 
 		 444 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3377  thymidine phosphorylase  51.73 
 
 		 443 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000359678  hitchhiker  0.00317006 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3451  thymidine phosphorylase  53.32 
 
 		 443 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3548  thymidine phosphorylase  52.3 
 
 		 443 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0580318  hitchhiker  0.0000567233 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04258  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3616  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4822  thymidine phosphorylase  52.05 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.524384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04224  hypothetical protein  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.894595  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3674  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.104507 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4617  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4981  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4931  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4983  thymidine phosphorylase  52.05 
 
 		 440 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.615857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4929  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4890  thymidine phosphorylase  52.05 
 
 		 440 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00649353  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5897  thymidine phosphorylase  52.63 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0542  thymidine phosphorylase  51.83 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.492482  normal  0.113052 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4924  thymidine phosphorylase  52.05 
 
 		 440 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4976  thymidine phosphorylase  51.83 
 
 		 440 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.718604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3190  thymidine phosphorylase  58.06 
 
 		 436 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.728246  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1928  thymidine phosphorylase  54.72 
 
 		 475 aa  426  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.939437  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0830  thymidine phosphorylase  53.44 
 
 		 462 aa  423  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2662  thymidine phosphorylase  55.4 
 
 		 440 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0114  thymidine phosphorylase  55.4 
 
 		 440 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.277805  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1066  thymidine phosphorylase  55.4 
 
 		 440 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1276  thymidine phosphorylase  55.4 
 
 		 443 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0136  thymidine phosphorylase  55.4 
 
 		 440 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.751059  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0412  thymidine phosphorylase  54.48 
 
 		 440 aa  408  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.052188  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2806  thymidine phosphorylase  55.86 
 
 		 440 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.529241  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2986  thymidine phosphorylase  52.56 
 
 		 436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.433587 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2964  thymidine phosphorylase  57.83 
 
 		 436 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3146  thymidine phosphorylase  56.45 
 
 		 436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3923  thymidine phosphorylase  60.99 
 
 		 442 aa  395  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.827993  normal  0.360079 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0276  thymidine phosphorylase  51.56 
 
 		 435 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.57515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6093  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  49.29 
 
 		 438 aa  363  4e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0759218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1595  thymidine phosphorylase  51.32 
 
 		 435 aa  362  8e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0248  thymidine phosphorylase  51.32 
 
 		 435 aa  362  8e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.363539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0828  thymidine phosphorylase  54.75 
 
 		 435 aa  362  1e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.61021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2222  thymidine phosphorylase  55.53 
 
 		 430 aa  342  9e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06970  thymidine phosphorylase  43.62 
 
 		 434 aa  340  2e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1571  thymidine phosphorylase  51.99 
 
 		 434 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1775  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.46 
 
 		 441 aa  336  3.9999999999999995e-91  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1744  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.97 
 
 		 433 aa  332  7.000000000000001e-90  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2210  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.74 
 
 		 433 aa  332  9e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2172  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.74 
 
 		 433 aa  332  9e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1176  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.66 
 
 		 434 aa  331  1e-89  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.246422  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0409  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  43.56 
 
 		 431 aa  331  2e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1138  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.2 
 
 		 434 aa  328  8e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122674  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2275  thymidine phosphorylase  45.98 
 
 		 435 aa  327  2.0000000000000001e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000178657  hitchhiker  0.000000323962 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1625  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  43.61 
 
 		 437 aa  328  2.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3238  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  44.73 
 
 		 435 aa  327  3e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0113  thymidine phosphorylase  43.18 
 
 		 432 aa  326  4.0000000000000003e-88  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000787887  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0662  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  48.62 
 
 		 434 aa  323  5e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.132104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0651  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  48.1 
 
 		 435 aa  322  8e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1754  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.02 
 
 		 433 aa  322  8e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000169733  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1840  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.84 
 
 		 434 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.166082  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1734  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.78 
 
 		 433 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000258964  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2784  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.95 
 
 		 434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0370  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.24 
 
 		 439 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1897  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.55 
 
 		 431 aa  320  3e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000548599  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1756  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.55 
 
 		 433 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.212389  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2004  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.55 
 
 		 433 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000441016  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1894  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.55 
 
 		 433 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000430221  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1929  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.55 
 
 		 433 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.03249e-46 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1488  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.07 
 
 		 434 aa  320  3.9999999999999996e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.023549  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3449  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.55 
 
 		 433 aa  319  7e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0452293  hitchhiker  9.91695e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>