224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1571 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1571  thymidine phosphorylase  100 
 
 		 434 aa  847    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2986  thymidine phosphorylase  61.98 
 
 		 436 aa  481  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.433587 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0276  thymidine phosphorylase  61.38 
 
 		 435 aa  478  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.57515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1595  thymidine phosphorylase  60.23 
 
 		 435 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0248  thymidine phosphorylase  60.23 
 
 		 435 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.363539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0828  thymidine phosphorylase  62.27 
 
 		 435 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.61021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0542  thymidine phosphorylase  48.39 
 
 		 440 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.492482  normal  0.113052 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3657  thymidine phosphorylase  54.09 
 
 		 438 aa  395  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3332  thymidine phosphorylase  50.58 
 
 		 444 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0600  thymidine phosphorylase  49.42 
 
 		 442 aa  393  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3451  thymidine phosphorylase  50.23 
 
 		 443 aa  391  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0822  thymidine phosphorylase  48.73 
 
 		 442 aa  389  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.32908  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3497  thymidine phosphorylase  47.94 
 
 		 440 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4617  thymidine phosphorylase  48.39 
 
 		 440 aa  386  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0661  thymidine phosphorylase  48.17 
 
 		 440 aa  388  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3626  thymidine phosphorylase  47.94 
 
 		 440 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04258  thymidine phosphorylase  48.17 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3616  thymidine phosphorylase  48.17 
 
 		 440 aa  383  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1970  thymidine phosphorylase  47.78 
 
 		 438 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.380336  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0265  thymidine phosphorylase  50 
 
 		 439 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04224  hypothetical protein  48.17 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.894595  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4931  thymidine phosphorylase  48.17 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4924  thymidine phosphorylase  47.71 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5897  thymidine phosphorylase  48.17 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4976  thymidine phosphorylase  47.71 
 
 		 440 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.718604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4981  thymidine phosphorylase  48.17 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0830  thymidine phosphorylase  47.25 
 
 		 471 aa  382  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4890  thymidine phosphorylase  47.71 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00649353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4822  thymidine phosphorylase  47.71 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.524384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3674  thymidine phosphorylase  48.17 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.104507 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4929  thymidine phosphorylase  48.17 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4983  thymidine phosphorylase  47.71 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.615857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1103  thymidine phosphorylase  46.21 
 
 		 443 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2821  thymidine phosphorylase  45.75 
 
 		 443 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.103126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1218  thymidine phosphorylase  46.21 
 
 		 443 aa  375  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1026  thymidine phosphorylase  44.37 
 
 		 443 aa  372  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.890001  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1591  thymidine phosphorylase  50.93 
 
 		 438 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1038  thymidine phosphorylase  45.98 
 
 		 443 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.101588  hitchhiker  0.00000000837764 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6240  thymidine phosphorylase  50.93 
 
 		 438 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.683278  normal  0.643776 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002630  thymidine phosphorylase  45.6 
 
 		 442 aa  370  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.957831  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03376  thymidine phosphorylase  45.6 
 
 		 452 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1042  thymidine phosphorylase  46.21 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429173  hitchhiker  0.000000248089 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2222  thymidine phosphorylase  57.68 
 
 		 430 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0620  thymidine phosphorylase  46.31 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0974  thymidine phosphorylase  45.75 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.290566  hitchhiker  0.00118059 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3047  thymidine phosphorylase  45.52 
 
 		 443 aa  370  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0184522  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3226  thymidine phosphorylase  45.52 
 
 		 443 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.547221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1141  thymidine phosphorylase  45.98 
 
 		 443 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000198917 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3229  thymidine phosphorylase  45.52 
 
 		 443 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0875906  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3548  thymidine phosphorylase  44.83 
 
 		 443 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0580318  hitchhiker  0.0000567233 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2865  thymidine phosphorylase  48.09 
 
 		 446 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.341006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3365  thymidine phosphorylase  45.52 
 
 		 443 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.604066  hitchhiker  0.00212197 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2814  thymidine phosphorylase  45.98 
 
 		 443 aa  368  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000364581  unclonable  0.00000355939 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1003  thymidine phosphorylase  45.06 
 
 		 443 aa  365  1e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.028852  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1928  thymidine phosphorylase  47.72 
 
 		 475 aa  363  3e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.939437  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6716  thymidine phosphorylase  50.46 
 
 		 438 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6660  thymidine phosphorylase  49.77 
 
 		 438 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0180706  normal  0.0516478 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3190  thymidine phosphorylase  54.06 
 
 		 436 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.728246  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3377  thymidine phosphorylase  44.83 
 
 		 443 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000359678  hitchhiker  0.00317006 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4177  thymidine phosphorylase  50.34 
 
 		 435 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0412  thymidine phosphorylase  53.65 
 
 		 440 aa  350  3e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.052188  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0830  thymidine phosphorylase  50.11 
 
 		 462 aa  350  3e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4465  thymidine phosphorylase  49.42 
 
 		 435 aa  350  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.173869  normal  0.54283 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2662  thymidine phosphorylase  51.52 
 
 		 440 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3923  thymidine phosphorylase  57.14 
 
 		 442 aa  350  4e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.827993  normal  0.360079 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0114  thymidine phosphorylase  51.52 
 
 		 440 aa  349  7e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.277805  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1066  thymidine phosphorylase  51.52 
 
 		 440 aa  349  7e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0136  thymidine phosphorylase  51.52 
 
 		 440 aa  349  7e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.751059  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1276  thymidine phosphorylase  51.52 
 
 		 443 aa  348  8e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3342  thymidine phosphorylase  51.11 
 
 		 438 aa  344  1e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.700488 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2964  thymidine phosphorylase  54.06 
 
 		 436 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.277231 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2806  thymidine phosphorylase  51.75 
 
 		 440 aa  341  1e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.529241  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3146  thymidine phosphorylase  53.05 
 
 		 436 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4182  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  43.68 
 
 		 434 aa  336  5e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0662  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  48.74 
 
 		 434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.132104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0075  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  49.51 
 
 		 446 aa  327  3e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1776  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.45 
 
 		 433 aa  325  1e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2062  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.71 
 
 		 433 aa  324  2e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3916  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  41.08 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00156356  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2172  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.09 
 
 		 433 aa  324  2e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2210  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.09 
 
 		 433 aa  324  2e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06970  thymidine phosphorylase  40.92 
 
 		 434 aa  322  7e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4154  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.61 
 
 		 434 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00147082  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3995  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.61 
 
 		 434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0822094  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3842  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.61 
 
 		 434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00792291  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0370  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.42 
 
 		 439 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4307  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.61 
 
 		 434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00037416  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4109  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.61 
 
 		 434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.99872e-53 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4218  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.61 
 
 		 434 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000180142  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2784  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.38 
 
 		 434 aa  320  3e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3826  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.61 
 
 		 434 aa  319  5e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000962839  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0113  thymidine phosphorylase  42.19 
 
 		 432 aa  318  1e-85  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000787887  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1274  Thymidine phosphorylase  44.98 
 
 		 426 aa  318  2e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4195  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.38 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00109232  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1042  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.38 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00204257  decreased coverage  0.0000153983 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1775  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  39.42 
 
 		 441 aa  316  4e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0737  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  44.47 
 
 		 582 aa  314  1.9999999999999998e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6093  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  46.56 
 
 		 438 aa  313  3.9999999999999997e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0759218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1176  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  40.78 
 
 		 434 aa  313  3.9999999999999997e-84  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.246422  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3238  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  43.59 
 
 		 435 aa  312  7.999999999999999e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>