252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0604 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
114 aa  228  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  50.5 
 
 
105 aa  101  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  51.52 
 
 
105 aa  99.4  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 
106 aa  87.8  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  45.36 
 
 
105 aa  83.6  9e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.36 
 
 
105 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.92 
 
 
105 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.86 
 
 
104 aa  81.3  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.24 
 
 
114 aa  73.6  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.19 
 
 
147 aa  68.9  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  39.39 
 
 
108 aa  67.4  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.66 
 
 
109 aa  66.2  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.29 
 
 
109 aa  63.9  0.0000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.79 
 
 
144 aa  62.8  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
121 aa  62  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  33.71 
 
 
104 aa  61.6  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  29.46 
 
 
119 aa  60.5  0.000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.45 
 
 
231 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  28.57 
 
 
118 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.74 
 
 
120 aa  57.8  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.78 
 
 
106 aa  57  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.44 
 
 
228 aa  57  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  34.26 
 
 
117 aa  56.2  0.0000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.2 
 
 
147 aa  54.7  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  30.48 
 
 
125 aa  54.3  0.0000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.82 
 
 
130 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
144 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
144 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  28.7 
 
 
120 aa  54.3  0.0000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  28.7 
 
 
120 aa  53.9  0.0000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.28 
 
 
206 aa  53.9  0.0000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.43 
 
 
129 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.56 
 
 
130 aa  53.9  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  28.7 
 
 
120 aa  53.5  0.0000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
103 aa  53.5  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  37.86 
 
 
129 aa  53.5  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.52 
 
 
120 aa  53.5  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.14 
 
 
121 aa  53.5  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.24 
 
 
136 aa  53.5  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.89 
 
 
103 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.71 
 
 
128 aa  52.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.06 
 
 
116 aa  53.1  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.45 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.89 
 
 
103 aa  53.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.11 
 
 
257 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.75 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38 
 
 
135 aa  52  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  38.68 
 
 
158 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
120 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
120 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.23 
 
 
120 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
120 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.68 
 
 
158 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.68 
 
 
158 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 
117 aa  51.6  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  55 
 
 
121 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
102 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
119 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.57 
 
 
147 aa  52  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  35.05 
 
 
130 aa  51.6  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.05 
 
 
210 aa  51.2  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.26 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.41 
 
 
130 aa  51.2  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.21 
 
 
144 aa  50.8  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  35.71 
 
 
92 aa  51.2  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
122 aa  51.2  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0419  DnaK suppressor protein  57.5 
 
 
126 aa  51.2  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.145678 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  59.46 
 
 
150 aa  50.8  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.03 
 
 
176 aa  50.8  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.35 
 
 
118 aa  50.4  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.08 
 
 
119 aa  50.4  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.98 
 
 
118 aa  50.8  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.98 
 
 
118 aa  50.8  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
120 aa  50.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.06 
 
 
132 aa  50.1  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.53 
 
 
216 aa  50.4  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  36.04 
 
 
141 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 
106 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.39 
 
 
118 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.84 
 
 
140 aa  49.7  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.86 
 
 
144 aa  50.1  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  25.64 
 
 
119 aa  49.7  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  37.97 
 
 
243 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.94 
 
 
151 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.19 
 
 
139 aa  48.9  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1430  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.72 
 
 
106 aa  49.3  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.76 
 
 
138 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.11 
 
 
122 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_002950  PG1597  DnaK suppressor protein, putative  55 
 
 
126 aa  48.5  0.00003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
118 aa  48.5  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.79 
 
 
140 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  52.5 
 
 
283 aa  48.5  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  59.46 
 
 
153 aa  48.1  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0703  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.68 
 
 
126 aa  48.1  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.383815  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
251 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.83 
 
 
115 aa  48.1  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  40 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.37 
 
 
122 aa  48.1  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.97 
 
 
243 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>