More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3964 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  99.69 
 
 		 322 aa  665    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  667    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  99.07 
 
 		 322 aa  664    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  89.44 
 
 		 322 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  89.13 
 
 		 322 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  88.82 
 
 		 322 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  88.2 
 
 		 322 aa  600  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 321 aa  330  2e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 321 aa  319  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 321 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  46.58 
 
 		 319 aa  293  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 321 aa  267  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 326 aa  236  3e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  33.96 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 324 aa  192  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 324 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 350 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 337 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  24.76 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 321 aa  102  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 317 aa  100  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  25.72 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  23.74 
 
 		 332 aa  96.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  25.94 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 332 aa  94.4  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 325 aa  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 335 aa  89.7  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  24.76 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  24.58 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 347 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  24.17 
 
 		 347 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  24.14 
 
 		 347 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  24.25 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.48 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 313 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  22.19 
 
 		 328 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  24.24 
 
 		 313 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  25.37 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  19.62 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 335 aa  64.3  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  20.16 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  21.8 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 324 aa  59.3  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  18.53 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  22.17 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  22.17 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 391 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  20.47 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  25.37 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4269  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  20.38 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  22.22 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  19.09 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>