More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3111 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
273 aa  567  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0181663 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0595  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.96 
 
 
297 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.74 
 
 
289 aa  409  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.950966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4287  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.45 
 
 
297 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.68 
 
 
297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.838406  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.18 
 
 
327 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.047646  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 
334 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.15 
 
 
343 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.01 
 
 
327 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.63 
 
 
326 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13505  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  33.33 
 
 
364 aa  152  5e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.53 
 
 
303 aa  89  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  27.64 
 
 
324 aa  68.9  0.00000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
319 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
334 aa  67.4  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
272 aa  65.1  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
338 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
326 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
353 aa  63.5  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
323 aa  63.2  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
315 aa  63.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
349 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
352 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000297127  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
267 aa  61.6  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
312 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
321 aa  60.5  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.33 
 
 
335 aa  60.5  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.77 
 
 
318 aa  60.8  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
350 aa  59.7  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  27.27 
 
 
306 aa  59.7  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
273 aa  59.3  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
321 aa  59.3  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
274 aa  59.3  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
274 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
320 aa  59.3  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  30.1 
 
 
336 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
315 aa  58.9  0.00000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.59 
 
 
336 aa  58.9  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.523915  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.06 
 
 
336 aa  58.9  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  30.1 
 
 
336 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
330 aa  58.5  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.09 
 
 
328 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 
317 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
325 aa  58.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0168  UDP-glucose 4-epimerase  31.45 
 
 
342 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.566405 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 
326 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
459 aa  57.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 
326 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
328 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.29 
 
 
292 aa  57.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.47 
 
 
333 aa  57  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4998  UDP-glucose 4-epimerase  36.29 
 
 
330 aa  56.6  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.163773  normal  0.0224202 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
326 aa  57  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
331 aa  56.6  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.556189  normal  0.226818 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.14 
 
 
330 aa  56.2  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.65 
 
 
334 aa  56.2  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.04 
 
 
307 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
333 aa  56.6  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
261 aa  56.6  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
348 aa  56.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
330 aa  56.2  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 
308 aa  56.2  0.0000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 
295 aa  55.8  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  24.19 
 
 
328 aa  55.8  0.0000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 
295 aa  55.8  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.25 
 
 
336 aa  55.8  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
332 aa  55.5  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
333 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
312 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
336 aa  55.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.63 
 
 
510 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  32.43 
 
 
329 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
310 aa  55.5  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
339 aa  55.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  30.71 
 
 
323 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.58 
 
 
318 aa  54.3  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
274 aa  54.3  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 
323 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.93 
 
 
304 aa  54.3  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
327 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.21 
 
 
311 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
307 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.83 
 
 
346 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  30.4 
 
 
332 aa  54.3  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
290 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
342 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.378919  normal  0.293641 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
323 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 
282 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 
377 aa  54.7  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
307 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.7 
 
 
353 aa  53.5  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718202  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
353 aa  53.9  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
338 aa  53.9  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  32.31 
 
 
336 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.1 
 
 
336 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
560 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0435  epimerase/dehydratase family protein, putative  31.9 
 
 
353 aa  53.1  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0291791  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.47 
 
 
324 aa  53.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690036  normal  0.179961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>