More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2547 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2547  pseudouridine synthase  100 
 
 
287 aa  597  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3153  pseudouridine synthase  64.87 
 
 
283 aa  378  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.79077  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1515  pseudouridine synthase  66.79 
 
 
282 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2728  pseudouridine synthase  61.54 
 
 
305 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0787  pseudouridine synthase  60.66 
 
 
281 aa  352  5e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3679  RNA pseudouridine synthase family protein  48.68 
 
 
318 aa  264  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1708  pseudouridine synthase  41.14 
 
 
300 aa  232  6e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.104417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  43.98 
 
 
267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  39.84 
 
 
281 aa  183  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.43 
 
 
300 aa  102  9e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.5 
 
 
300 aa  100  3e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.1 
 
 
302 aa  99.8  5e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  27.34 
 
 
310 aa  97.1  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.82 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  26.86 
 
 
344 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  42.34 
 
 
304 aa  94.4  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  42.34 
 
 
304 aa  92.8  6e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  37.29 
 
 
317 aa  92  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.04 
 
 
296 aa  91.7  1e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  26.86 
 
 
302 aa  91.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  28.87 
 
 
356 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.26 
 
 
338 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.85 
 
 
302 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.72 
 
 
305 aa  89.7  4e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  34.42 
 
 
204 aa  90.1  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  27.82 
 
 
305 aa  89  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
305 aa  89  9e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  27.97 
 
 
302 aa  89  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
305 aa  89  9e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.97 
 
 
302 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.97 
 
 
302 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  27.97 
 
 
302 aa  88.6  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.97 
 
 
302 aa  88.2  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  27.97 
 
 
302 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.97 
 
 
302 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.97 
 
 
302 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  24.39 
 
 
352 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  25.6 
 
 
312 aa  87.4  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33.12 
 
 
297 aa  87.4  2e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  26.64 
 
 
290 aa  88.2  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  27.36 
 
 
222 aa  87.4  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  31.08 
 
 
305 aa  87  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  28.37 
 
 
334 aa  86.3  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30.73 
 
 
293 aa  86.3  6e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.86 
 
 
333 aa  85.9  7e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12586  predicted protein  33.85 
 
 
216 aa  85.5  8e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  26.89 
 
 
222 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  29.94 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.26 
 
 
350 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.14 
 
 
331 aa  84.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  31.43 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  32.75 
 
 
347 aa  84.7  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  25.6 
 
 
324 aa  84  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  29.35 
 
 
269 aa  84.3  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.67 
 
 
308 aa  84.7  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  28.15 
 
 
327 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.01 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  26.72 
 
 
344 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.5 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  30.35 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  29.86 
 
 
312 aa  83.6  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  26.72 
 
 
344 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.5 
 
 
400 aa  83.2  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  31.96 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  26.48 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  31.58 
 
 
301 aa  83.2  0.000000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  26.15 
 
 
396 aa  83.2  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  25.88 
 
 
302 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.12 
 
 
301 aa  82.8  0.000000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.18 
 
 
305 aa  82.8  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  30.86 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  33.96 
 
 
308 aa  82.8  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  27.27 
 
 
325 aa  82.8  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  25.99 
 
 
344 aa  82.8  0.000000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  35.63 
 
 
299 aa  82.8  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  30.29 
 
 
256 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  28.57 
 
 
352 aa  82  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.87 
 
 
314 aa  82  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  27.78 
 
 
238 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  26.16 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31.98 
 
 
304 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  25.43 
 
 
300 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  28.37 
 
 
541 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.06 
 
 
214 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  25.64 
 
 
297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  28.89 
 
 
420 aa  80.9  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  27.43 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  28.32 
 
 
327 aa  80.5  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.16 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  28.27 
 
 
308 aa  80.9  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.64 
 
 
306 aa  80.1  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.88 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  32.1 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  27.19 
 
 
233 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  32.75 
 
 
346 aa  79.7  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  28.72 
 
 
302 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.88 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.68 
 
 
213 aa  79.7  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  28.99 
 
 
309 aa  79.7  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.07 
 
 
308 aa  79.3  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>