More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1175 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1175  SecC motif-containing protein  100 
 
 		 383 aa  802    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1263  SecC motif-containing protein  57.18 
 
 		 372 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.638763  hitchhiker  0.0088654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0891  SecC motif-containing protein  48.59 
 
 		 391 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2991  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  42.72 
 
 		 324 aa  243  6e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.163959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0163  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  34.66 
 
 		 261 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2739  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  33.73 
 
 		 584 aa  93.6  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5011  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  34.94 
 
 		 227 aa  93.2  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.259686  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4429  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase family protein  32.94 
 
 		 190 aa  90.5  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2874  hypothetical protein  35.12 
 
 		 227 aa  88.2  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.203099  hitchhiker  0.0005762 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3221  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  32.74 
 
 		 193 aa  84.3  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5906  Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase  30.36 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.920241  normal  0.561724 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0671  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  28.25 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0163  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  27.6 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3555  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  28.9 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3492  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  29.38 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.498087  normal  0.306024 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2689  Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase  29.07 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0509134 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0161  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  31.36 
 
 		 199 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0165  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  31.36 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.187891 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4194  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  26.67 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3190  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  26.4 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.583182  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0179  hypothetical protein  26.11 
 
 		 192 aa  62.4  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3689  preprotein translocase subunit SecA  43.48 
 
 		 922 aa  62  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1920  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  28 
 
 		 284 aa  62  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0234553  hitchhiker  0.0031791 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2128  Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase  26.9 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.312225  normal  0.0716518 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13340  preprotein translocase subunit SecA  78.57 
 
 		 915 aa  60.8  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2292  Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase  32.58 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.871718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04358  preprotein translocase subunit SecA  47.27 
 
 		 912 aa  59.7  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2761  preprotein translocase subunit SecA  35.4 
 
 		 906 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4878  Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase  28.4 
 
 		 200 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238259  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0828  preprotein translocase subunit SecA  42.42 
 
 		 921 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0495  preprotein translocase subunit SecA  63.16 
 
 		 936 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.132079  normal  0.377475 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1972  preprotein translocase subunit SecA  58.97 
 
 		 903 aa  57.4  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000194313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4454  preprotein translocase, SecA subunit  40.91 
 
 		 893 aa  56.6  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1857  preprotein translocase SecA subunit  45.9 
 
 		 955 aa  56.6  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.137741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0738  preprotein translocase subunit SecA  40 
 
 		 921 aa  56.6  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.687802  normal  0.0603491 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2039  preprotein translocase subunit SecA  54.05 
 
 		 914 aa  56.2  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0611  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 910 aa  55.8  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.26873  normal  0.632332 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2423  Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase  30.39 
 
 		 234 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  0.435049 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0619  preprotein translocase subunit SecA  57.89 
 
 		 897 aa  55.1  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00370749  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1959  preprotein translocase subunit SecA  54.05 
 
 		 914 aa  55.5  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0931  preprotein translocase subunit SecA  41.18 
 
 		 939 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.667374  normal  0.20776 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0858  preprotein translocase, SecA subunit  36.78 
 
 		 980 aa  54.3  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00606549  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5497  preprotein translocase subunit SecA  27.49 
 
 		 915 aa  54.3  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.441973  normal  0.259871 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5085  aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase  29.76 
 
 		 256 aa  54.7  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193259  normal  0.545985 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5240  preprotein translocase, SecA subunit  39.51 
 
 		 1067 aa  54.3  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0916466  normal  0.569995 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3461  preprotein translocase subunit SecA  57.89 
 
 		 936 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.126577  decreased coverage  0.000173777 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0777  preprotein translocase subunit SecA  45.28 
 
 		 933 aa  54.3  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.648887  normal  0.618411 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2485  preprotein translocase subunit SecA  82.61 
 
 		 917 aa  54.3  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00468846  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2011  preprotein translocase subunit SecA  33.01 
 
 		 836 aa  54.7  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2607  preprotein translocase, SecA subunit  74.07 
 
 		 900 aa  54.3  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.065848  hitchhiker  0.000000000349821 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2851  SecA protein  38.33 
 
 		 903 aa  53.9  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00909  preprotein translocase subunit SecA  63.33 
 
 		 909 aa  54.3  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3654  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 932 aa  53.9  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321986  normal  0.974408 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3540  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3418  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 909 aa  54.3  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.487797  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0539  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 932 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.117164  normal  0.600522 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0087  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 932 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0497  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  53.9  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.433884  normal  0.665829 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004483  protein export cytoplasm protein SecA ATPase RNA helicase  63.33 
 
 		 909 aa  54.3  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341931  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0472  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  54.3  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.611662  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0101  preprotein translocase subunit SecA  31.09 
 
 		 865 aa  53.9  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.17444  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0569  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 932 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2834  preprotein translocase subunit SecA  79.17 
 
 		 934 aa  53.9  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.745089 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2540  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569911  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3079  preprotein translocase subunit SecA  79.17 
 
 		 934 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3803  preprotein translocase subunit SecA  60.53 
 
 		 907 aa  53.9  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000517033  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3535  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.90437  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0152  preprotein translocase subunit SecA  52.78 
 
 		 899 aa  53.5  0.000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3515  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275917  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0287  preprotein translocase subunit SecA  41.67 
 
 		 964 aa  53.9  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.196625  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1320  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2714  preprotein translocase subunit SecA  79.17 
 
 		 934 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0462  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.125035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3242  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 931 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.358257  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1155  preprotein translocase, SecA subunit  73.08 
 
 		 906 aa  53.9  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0110227  normal  0.328192 
 
 
-
 
NC_002950  PG0514  preprotein translocase subunit SecA  39.06 
 
 		 1113 aa  53.5  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00876385 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3583  preprotein translocase subunit SecA  70.37 
 
 		 900 aa  53.5  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00157477  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0131  protein translocase subunit secA  79.17 
 
 		 923 aa  53.5  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.449185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2744  protein translocase subunit secA  48.21 
 
 		 918 aa  53.1  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0152  preprotein translocase subunit SecA  73.08 
 
 		 901 aa  53.1  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0145  preprotein translocase subunit SecA  73.08 
 
 		 901 aa  53.1  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0148  preprotein translocase subunit SecA  73.08 
 
 		 901 aa  53.1  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0363  preprotein translocase subunit SecA  54.55 
 
 		 907 aa  53.1  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000126522  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0153  preprotein translocase subunit SecA  73.08 
 
 		 901 aa  53.1  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00245139  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0148  preprotein translocase subunit SecA  73.08 
 
 		 901 aa  53.1  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2525  preprotein translocase, SecA subunit  44.44 
 
 		 949 aa  52.8  0.000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2909  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 904 aa  52.8  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00674204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3509  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 904 aa  52.8  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259592  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2664  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 936 aa  52.8  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57220  preprotein translocase subunit SecA  73.08 
 
 		 916 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3378  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 904 aa  52.8  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000297957  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0362  preprotein translocase subunit SecA  61.76 
 
 		 908 aa  53.1  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0221508  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3502  preprotein translocase, SecA subunit  76 
 
 		 901 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.145428  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0657  preprotein translocase subunit SecA  62.07 
 
 		 897 aa  52.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3488  preprotein translocase subunit SecA  72 
 
 		 904 aa  52.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.185524 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0973  preprotein translocase, SecA subunit  41.54 
 
 		 971 aa  52.4  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.16094  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0770  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 910 aa  52.8  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00309975  normal  0.728457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00098  hypothetical protein  76 
 
 		 901 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00533213  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0104  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 901 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113856  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0092  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 901 aa  52.8  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000405239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>