More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_26640 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_26640  transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  606  9.999999999999999e-173  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.139135  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  26.61 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  28.36 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 319 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  31.14 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  31.14 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  31.14 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.54 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.54 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.54 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.54 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.54 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 335 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  29.65 
 
 		 363 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2625  transcriptional regulator, LysR family  26.29 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000460304  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1943  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.474659  normal  0.293166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2276  regulatory protein LysR  24.05 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0300565  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  23.33 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 329 aa  72.8  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  25.88 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  22.83 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  23 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 303 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4621  LysR family transcriptional regulator  20.27 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0988877  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0270  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  26.02 
 
 		 308 aa  68.6  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  28.46 
 
 		 268 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 312 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  27.32 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13810  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  23.24 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3494  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  27.88 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  25.44 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  23.74 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  23.96 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  23.05 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  23.05 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  23.05 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  24.41 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  23.05 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  23.05 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1184  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  24.77 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  21.86 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  25.09 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>