More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3003 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_0676  Rhs element Vgr protein  55.87 
 
 		 596 aa  706    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3003  Rhs element Vgr protein  100 
 
 		 598 aa  1216    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0369  Rhs element Vgr protein  57.72 
 
 		 596 aa  728    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2462  hypothetical protein  43.24 
 
 		 595 aa  494  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3927  Rhs element Vgr protein  41.71 
 
 		 604 aa  465  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00332693  hitchhiker  0.00450013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3155  Rhs element Vgr protein  39.8 
 
 		 581 aa  467  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5250  Rhs element Vgr protein  40.43 
 
 		 596 aa  455  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00012293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2550  Rhs element Vgr protein  37.58 
 
 		 589 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1682  Rhs element Vgr protein  38.41 
 
 		 589 aa  437  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0669  Rhs element Vgr protein  37.37 
 
 		 576 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3609  Rhs element Vgr protein  34.69 
 
 		 574 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128418 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1080  hypothetical protein  35.63 
 
 		 599 aa  363  6e-99  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.752206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1042  phosphoserine phosphatase SerB  31.97 
 
 		 565 aa  327  3e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0896  Rhs element Vgr protein  26.69 
 
 		 545 aa  169  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.79786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1040  Rhs element Vgr protein  26.69 
 
 		 545 aa  169  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.605907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2817  Rhs element Vgr protein  24.88 
 
 		 593 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1663  Rhs element Vgr protein  24.08 
 
 		 589 aa  130  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.485896  normal  0.191701 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2267  Rhs element Vgr protein  25.38 
 
 		 610 aa  127  6e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.267374  hitchhiker  0.000675551 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3822  Rhs element Vgr protein  23.52 
 
 		 578 aa  123  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112104  normal  0.0443202 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1626  Rhs element Vgr protein  22.13 
 
 		 592 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0131276 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0769  Rhs element Vgr protein  31.67 
 
 		 248 aa  114  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1732  Rhs element Vgr protein  22.61 
 
 		 641 aa  110  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00520263 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5384  Rhs element Vgr protein  23.76 
 
 		 602 aa  106  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26590  hypothetical protein  22.41 
 
 		 599 aa  93.6  9e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0848935  normal  0.672502 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1509  Rhs element Vgr protein  30.33 
 
 		 239 aa  92  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0926  Rhs element Vgr protein  21.8 
 
 		 587 aa  90.5  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.91076  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1051  Rhs element Vgr protein  23.28 
 
 		 594 aa  86.3  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  22.93 
 
 		 661 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0983  hypothetical protein  31.84 
 
 		 218 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.208742  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  22.84 
 
 		 661 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  22.46 
 
 		 661 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  22.46 
 
 		 661 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3043  Rhs element Vgr protein  27.51 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000160638 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  22.46 
 
 		 661 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  22.46 
 
 		 661 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  22.46 
 
 		 661 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  22.46 
 
 		 661 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3260  Rhs element Vgr protein  28.31 
 
 		 602 aa  80.9  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.386521  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4109  Rhs element Vgr protein  24.3 
 
 		 576 aa  80.5  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0273732 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1906  Rhs element Vgr protein  30.25 
 
 		 606 aa  79.3  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0194585  hitchhiker  0.0014616 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4983  Rhs element Vgr protein  24.07 
 
 		 614 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2892  hypothetical protein  20.75 
 
 		 499 aa  78.2  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3684  Rhs element Vgr protein  25.13 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  hitchhiker  0.000521794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4864  Rhs element Vgr protein  26.14 
 
 		 599 aa  74.3  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0846936  normal  0.155196 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1953  Rhs element Vgr protein  25.74 
 
 		 275 aa  73.2  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0250  type VI secretion system Vgr family protein  20.04 
 
 		 794 aa  73.2  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3666  Rhs element Vgr protein  25.57 
 
 		 226 aa  72.4  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.408922  decreased coverage  0.0000749166 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  22.43 
 
 		 613 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  25.96 
 
 		 790 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000029  hypothetical protein  22 
 
 		 611 aa  70.9  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  29.21 
 
 		 697 aa  70.5  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2014  type VI secretion system Vgr family protein  27.52 
 
 		 753 aa  70.5  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.758033  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3589  Rhs element Vgr protein  28.02 
 
 		 612 aa  70.5  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.512863 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  26.52 
 
 		 703 aa  70.5  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6416  Rhs element Vgr protein  23.36 
 
 		 617 aa  70.1  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0660  hypothetical protein  28.28 
 
 		 605 aa  70.1  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.279373 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2565  Rhs element Vgr protein  22.83 
 
 		 687 aa  69.7  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125293  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2572  Rhs element Vgr protein  22.83 
 
 		 687 aa  69.7  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0544876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2579  Rhs element Vgr protein  22.83 
 
 		 687 aa  69.7  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0472026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1726  Rhs element Vgr protein  23.71 
 
 		 642 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00256  Rhs-family protein  25.51 
 
 		 645 aa  68.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  44.78 
 
 		 616 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3392  vgrG protein  22.61 
 
 		 695 aa  68.2  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.92482  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3106  hypothetical protein  22.33 
 
 		 618 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.166384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1145  Rhs element Vgr protein  29.77 
 
 		 706 aa  67.8  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2618  Rhs element Vgr protein  34.45 
 
 		 618 aa  67.4  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.576781 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2865  type VI secretion system Vgr family protein  22.37 
 
 		 780 aa  67.4  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3430  putative VGR-related protein  23.25 
 
 		 921 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2758  vgrG protein  21.52 
 
 		 774 aa  66.6  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0129  Rhs element Vgr protein  29.25 
 
 		 872 aa  67  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5894  Rhs element Vgr protein  29.51 
 
 		 615 aa  65.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1613  Rhs element Vgr protein  29.25 
 
 		 858 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3429  Rhs element Vgr protein  25.4 
 
 		 782 aa  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0166  Rhs element Vgr protein  29.25 
 
 		 930 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275346  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6682  type VI secretion system Vgr family protein  29.46 
 
 		 1057 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0650  Rhs element Vgr protein  30 
 
 		 727 aa  66.2  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0732792  normal  0.0253872 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0838  Rhs element Vgr protein  30 
 
 		 697 aa  65.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  23.32 
 
 		 706 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0143  Rhs element Vgr protein  29.25 
 
 		 896 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.420233  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2151  Rhs element Vgr protein  22.51 
 
 		 706 aa  65.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2439  type VI secretion system Vgr family protein  30.94 
 
 		 712 aa  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  25 
 
 		 655 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3254  vgrG protein  24.34 
 
 		 710 aa  65.5  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0043  Rhs element Vgr protein  30.51 
 
 		 320 aa  65.5  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3019  type VI secretion system Vgr family protein  26.94 
 
 		 1048 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1875  hypothetical protein  25.84 
 
 		 212 aa  65.1  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.133633  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7557  vgrG protein  22.2 
 
 		 653 aa  64.7  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2094  Rhs element Vgr protein  23.28 
 
 		 646 aa  64.7  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.730907  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  20.89 
 
 		 669 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2959  hypothetical protein  25.19 
 
 		 644 aa  64.3  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  23.05 
 
 		 680 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1646  vgrG protein  20.53 
 
 		 800 aa  63.9  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2788  type VI secretion system Vgr family protein  22.07 
 
 		 889 aa  63.9  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.154315 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2696  type VI secretion system Vgr family protein  22.63 
 
 		 615 aa  63.9  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.187576  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3931  Rhs element Vgr protein  25 
 
 		 616 aa  63.9  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.410968  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  23.05 
 
 		 680 aa  63.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2447  type VI secretion system Vgr family protein  30.22 
 
 		 735 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.764507  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1212  Rhs element Vgr protein  28.93 
 
 		 699 aa  63.2  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1508  phage protein D  23.1 
 
 		 348 aa  63.2  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1538  two component LuxR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 621 aa  63.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>