More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1538 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1538  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 621 aa  1288    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  32.75 
 
 		 741 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  32.75 
 
 		 741 aa  326  7e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  32.55 
 
 		 741 aa  321  3e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  32.19 
 
 		 618 aa  321  3e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  30.33 
 
 		 643 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  31.63 
 
 		 689 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  31.33 
 
 		 689 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  33.9 
 
 		 703 aa  306  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  29.65 
 
 		 646 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  32.23 
 
 		 683 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3106  hypothetical protein  33.81 
 
 		 618 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.166384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000029  hypothetical protein  32.09 
 
 		 611 aa  298  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  32.23 
 
 		 661 aa  296  6e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  32.23 
 
 		 661 aa  296  6e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  32.23 
 
 		 661 aa  296  6e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  32.23 
 
 		 661 aa  296  6e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  32.23 
 
 		 661 aa  296  6e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  32.08 
 
 		 661 aa  296  8e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  32.08 
 
 		 661 aa  296  8e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  32.04 
 
 		 661 aa  295  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  31.1 
 
 		 683 aa  293  5e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  32.91 
 
 		 616 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4080  type VI secretion system Vgr family protein  29.3 
 
 		 771 aa  290  4e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000279673 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  30.43 
 
 		 692 aa  284  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  31.93 
 
 		 754 aa  284  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4983  Rhs element Vgr protein  31.96 
 
 		 614 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  31.65 
 
 		 754 aa  282  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  32.18 
 
 		 692 aa  281  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  32.81 
 
 		 680 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01965  hypothetical protein  30.93 
 
 		 771 aa  280  7e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  32.81 
 
 		 680 aa  279  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  32.32 
 
 		 669 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2618  Rhs element Vgr protein  31.22 
 
 		 618 aa  278  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.576781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4385  Rhs element Vgr protein  32.96 
 
 		 763 aa  276  6e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21450  hypothetical protein  32.6 
 
 		 688 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  33 
 
 		 668 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2888  hypothetical protein  33.22 
 
 		 668 aa  274  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50870  Rhs element Vgr protein  33.92 
 
 		 668 aa  272  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18985  hypothetical protein  33.7 
 
 		 808 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000261066  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2439  type VI secretion system Vgr family protein  30.86 
 
 		 712 aa  270  8e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  32.57 
 
 		 678 aa  269  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2631  Rhs element Vgr protein  32.4 
 
 		 684 aa  269  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4488  Rhs element Vgr protein  33.17 
 
 		 702 aa  269  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2953  Rhs element Vgr protein  31 
 
 		 734 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.527761  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0410  Rhs element Vgr protein  31 
 
 		 734 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.447319  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  29.93 
 
 		 709 aa  267  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1607  Rhs element Vgr protein  31 
 
 		 734 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2828  Rhs element Vgr protein  31 
 
 		 734 aa  267  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1790  Rhs element Vgr protein  31 
 
 		 734 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.129982  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0460  Rhs element Vgr protein  31 
 
 		 734 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141236  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1193  Rhs element Vgr protein  31.09 
 
 		 731 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2735  Rhs element Vgr protein  30.52 
 
 		 788 aa  265  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  30.53 
 
 		 613 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2094  Rhs element Vgr protein  31.02 
 
 		 646 aa  265  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.730907  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3486  Rhs element Vgr protein  30.68 
 
 		 774 aa  265  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.740933  normal  0.610265 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  30.48 
 
 		 748 aa  264  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1581  Rhs element Vgr protein  30.37 
 
 		 757 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3133  Rhs element Vgr protein  32.32 
 
 		 767 aa  263  6e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.054847  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0265  Rhs element Vgr protein  30.92 
 
 		 731 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3392  vgrG protein  31.27 
 
 		 695 aa  263  8.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.92482  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2447  type VI secretion system Vgr family protein  30.85 
 
 		 735 aa  263  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.764507  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0310  Rhs family protein  30.11 
 
 		 729 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.261642  normal  0.473286 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3489  hypothetical protein  31.96 
 
 		 767 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159566  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26600  Rhs element Vgr protein  31.18 
 
 		 687 aa  260  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.417964  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  32.95 
 
 		 741 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0201  type VI secretion system Vgr family protein  32.59 
 
 		 777 aa  260  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7056  vgrG protein  30.97 
 
 		 741 aa  259  9e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0833871  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0319  Rhs family protein  29.91 
 
 		 729 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.946115  normal  0.027027 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0250  type VI secretion system Vgr family protein  29.37 
 
 		 794 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4009  Rhs element Vgr protein  32.27 
 
 		 756 aa  258  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0849352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4429  Rhs element Vgr protein  31.79 
 
 		 724 aa  258  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2047  Rhs element Vgr protein  32.12 
 
 		 572 aa  257  5e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2808  Rhs element Vgr protein  29.53 
 
 		 734 aa  257  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1173  Rhs element Vgr protein  29.19 
 
 		 734 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  31.86 
 
 		 693 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3868  type VI secretion system Vgr family protein  31.2 
 
 		 730 aa  254  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0373872  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3430  putative VGR-related protein  30.95 
 
 		 921 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3752  Rhs element Vgr protein  30.76 
 
 		 755 aa  254  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.617325 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5436  Rhs element Vgr protein  31.94 
 
 		 680 aa  253  7e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2357  type VI secretion system Vgr family protein  31.06 
 
 		 619 aa  253  7e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0531  type VI secretion system Vgr family protein  28.05 
 
 		 1003 aa  253  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  31.96 
 
 		 680 aa  253  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  31.86 
 
 		 697 aa  252  1e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00004  Rhs element Vgr protein, putative  28.65 
 
 		 748 aa  252  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  32.27 
 
 		 907 aa  252  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3015  Rhs element Vgr protein  30.02 
 
 		 645 aa  253  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0322  Rhs-family protein  29.28 
 
 		 730 aa  253  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0393811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  30.99 
 
 		 790 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7557  vgrG protein  30 
 
 		 653 aa  251  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  29.73 
 
 		 706 aa  250  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4483  type VI secretion system Vgr family protein  30.78 
 
 		 778 aa  249  9e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2044  Rhs element Vgr protein  31.94 
 
 		 680 aa  249  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.909849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0300  type VI secretion system Vgr family protein  30.61 
 
 		 794 aa  249  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  31.52 
 
 		 1981 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0329  Rhs family protein  29.4 
 
 		 743 aa  248  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312709  normal  0.985789 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  30.36 
 
 		 617 aa  244  3e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1646  vgrG protein  30.12 
 
 		 800 aa  244  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0115  vgrG protein  28.74 
 
 		 694 aa  244  3e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3778  type VI secretion system Vgr family protein  31.27 
 
 		 796 aa  244  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.938556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>