53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0113 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0113  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  100 
 
 		 207 aa  425  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.158306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03431  putative TonB2 protein  38.2 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4060  TonB family protein  34.09 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.910663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1064  TonB family protein  38.2 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0356  periplasmic protein TonB  35.23 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0245094  normal  0.451591 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05000  TonB protein  31.4 
 
 		 290 aa  58.9  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00767831  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000844  ferric siderophore transport system binding protein TonB  31.46 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3972  putative TonB protein  32.58 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1657  TonB family protein  38.96 
 
 		 237 aa  53.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.107478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3238  tonB protein, putative  32.53 
 
 		 274 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0115  TonB protein  30.34 
 
 		 206 aa  52.8  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06756  hypothetical protein  35.53 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1890  TonB family protein  28.41 
 
 		 391 aa  49.3  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2421  TonB-like protein  29.79 
 
 		 207 aa  48.5  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00537232  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1521  TonB family protein  29.79 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2648  TonB family protein  31.18 
 
 		 206 aa  48.1  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0343675  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2622  TonB family protein  29.03 
 
 		 206 aa  48.1  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.083203  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1828  TonB2 protein  28.72 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1575  TonB family protein  30.11 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00700508  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3759  TonB family protein  32.43 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0901  TonB3 protein  28.57 
 
 		 207 aa  46.6  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.686601  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0385  TonB family protein  26.83 
 
 		 112 aa  46.6  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0845  TonB domain-containing protein  28.72 
 
 		 259 aa  46.2  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.286568  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3957  TonB family protein  32.43 
 
 		 203 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0245  TonB family protein  32.58 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3752  putative TonB protein  32.58 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  30.43 
 
 		 204 aa  45.8  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0873  TonB family protein  26.44 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3832  TonB family protein  32.43 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0186  TonB family protein  22.98 
 
 		 203 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  28.89 
 
 		 131 aa  45.4  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4148  TonB family protein  32.43 
 
 		 203 aa  45.4  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2622  TonB family protein  29.03 
 
 		 207 aa  45.1  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052579  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4564  TonB2 protein, putative  32.43 
 
 		 203 aa  45.1  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3075  TonB family protein  29.03 
 
 		 206 aa  45.1  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000181204 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2460  TonB family protein  27.96 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.43169  hitchhiker  0.0000000910497 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3705  tonB protein  32.5 
 
 		 277 aa  43.9  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  30.26 
 
 		 405 aa  43.5  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2530  TonB family protein  27.96 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0930867  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1666  TonB family protein  27.96 
 
 		 206 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.13034 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2714  TonB family protein  27.96 
 
 		 206 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0362691  decreased coverage  0.0000000109888 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1629  TonB family protein  27.96 
 
 		 206 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.589143  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1258  TonB-like protein  30.11 
 
 		 206 aa  43.1  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.973667  hitchhiker  0.0001567 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1644  TonB family protein  27.96 
 
 		 206 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.219382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2474  TonB family protein  30.34 
 
 		 205 aa  42.7  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.945787  hitchhiker  0.0000507957 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3457  TonB2 protein, putative  27.5 
 
 		 202 aa  42.4  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  32.39 
 
 		 404 aa  42.4  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1735  TonB family protein  29.11 
 
 		 228 aa  42.4  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.298977  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1150  tonB2 protein  25.32 
 
 		 206 aa  42.4  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.595511  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4804  TonB domain-containing protein  35.38 
 
 		 349 aa  42.4  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  25.88 
 
 		 467 aa  42.4  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0905  TonB-like protein  22.53 
 
 		 203 aa  42  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03563  TonB domain protein  33.33 
 
 		 392 aa  41.6  0.009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>