More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0727 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  64.44 
 
 
517 aa  659    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  66.02 
 
 
518 aa  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  66.6 
 
 
518 aa  677    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  65.44 
 
 
518 aa  671    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  64.41 
 
 
516 aa  660    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
506 aa  1013    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  63.99 
 
 
511 aa  648    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  64.48 
 
 
525 aa  659    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  65.18 
 
 
517 aa  667    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.74 
 
 
516 aa  609  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.92 
 
 
512 aa  600  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  59.6 
 
 
510 aa  587  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.24 
 
 
530 aa  583  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.22 
 
 
506 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.02 
 
 
506 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.02 
 
 
506 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.02 
 
 
506 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.15 
 
 
508 aa  567  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.83 
 
 
506 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.16 
 
 
504 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.36 
 
 
504 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.34 
 
 
511 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.36 
 
 
504 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.36 
 
 
504 aa  561  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  60.36 
 
 
504 aa  561  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.16 
 
 
504 aa  561  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  60.36 
 
 
504 aa  561  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.55 
 
 
504 aa  561  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.26 
 
 
530 aa  558  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  59.76 
 
 
504 aa  555  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  58.24 
 
 
510 aa  548  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.18 
 
 
527 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.97 
 
 
529 aa  478  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.2 
 
 
528 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.07 
 
 
517 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.03 
 
 
517 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.61 
 
 
516 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.47 
 
 
516 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.83 
 
 
517 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.8 
 
 
518 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.92 
 
 
518 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.23 
 
 
530 aa  444  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.92 
 
 
518 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.7 
 
 
514 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.02 
 
 
532 aa  438  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.85 
 
 
552 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.5 
 
 
526 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.45 
 
 
550 aa  437  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
530 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.65 
 
 
506 aa  431  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.51 
 
 
531 aa  428  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.78 
 
 
529 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.1 
 
 
531 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.42 
 
 
523 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.6 
 
 
509 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.56 
 
 
512 aa  417  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.25 
 
 
511 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.25 
 
 
511 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.79 
 
 
525 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  45.78 
 
 
509 aa  408  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.44 
 
 
538 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.09 
 
 
510 aa  402  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.95 
 
 
536 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.95 
 
 
540 aa  405  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.74 
 
 
522 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.09 
 
 
522 aa  391  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.88 
 
 
525 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.44 
 
 
653 aa  289  9e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  42.57 
 
 
596 aa  288  2e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.6 
 
 
463 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.16 
 
 
454 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  48.48 
 
 
551 aa  283  7.000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.89 
 
 
875 aa  283  8.000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  43.48 
 
 
606 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  41.31 
 
 
608 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  43.18 
 
 
455 aa  278  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.31 
 
 
608 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.31 
 
 
608 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  47.16 
 
 
551 aa  279  1e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.51 
 
 
693 aa  278  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  38.93 
 
 
505 aa  278  2e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.44 
 
 
1082 aa  277  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.32 
 
 
458 aa  275  2.0000000000000002e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.47 
 
 
457 aa  274  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.65 
 
 
515 aa  274  3e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.23 
 
 
455 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.57 
 
 
458 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.8 
 
 
456 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  46.84 
 
 
629 aa  273  7e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  46.84 
 
 
629 aa  272  9e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.57 
 
 
581 aa  272  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  57.76 
 
 
630 aa  271  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3419  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.94 
 
 
455 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.683267  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  36.89 
 
 
513 aa  271  2e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.05 
 
 
692 aa  271  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  41.69 
 
 
537 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.09 
 
 
457 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.56 
 
 
557 aa  271  2.9999999999999997e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.08 
 
 
469 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.05 
 
 
692 aa  270  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>