More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1202 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1202  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 
333 aa  658    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.67 
 
 
325 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  49.67 
 
 
325 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  46.67 
 
 
324 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.59 
 
 
325 aa  236  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.34 
 
 
324 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.58 
 
 
325 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.08 
 
 
333 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.33 
 
 
319 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.67 
 
 
324 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  46.37 
 
 
322 aa  225  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.31 
 
 
330 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.86 
 
 
325 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  47.68 
 
 
330 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  45.23 
 
 
330 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.77 
 
 
340 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  43.09 
 
 
329 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.79 
 
 
331 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.98 
 
 
320 aa  203  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.9 
 
 
328 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.9 
 
 
328 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.23 
 
 
338 aa  200  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  41.61 
 
 
327 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  41.61 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  41.61 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  41.61 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  41.61 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  41.61 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  41.61 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  41.23 
 
 
329 aa  195  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  40.56 
 
 
327 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.61 
 
 
327 aa  193  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  37.38 
 
 
329 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.81 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  39.81 
 
 
325 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  39.81 
 
 
325 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.96 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.76 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.77 
 
 
315 aa  182  7e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  37.62 
 
 
322 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.66 
 
 
324 aa  180  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.24 
 
 
324 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.01 
 
 
324 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  37.74 
 
 
323 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  38.26 
 
 
321 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.06 
 
 
327 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.77 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  33.23 
 
 
403 aa  173  3.9999999999999995e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.37 
 
 
338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  38.87 
 
 
514 aa  172  5e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  39.51 
 
 
324 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.7 
 
 
332 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  32.5 
 
 
403 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  32.92 
 
 
403 aa  171  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  39.51 
 
 
324 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  39.51 
 
 
324 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  39.51 
 
 
324 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  32.61 
 
 
403 aa  170  4e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  36.76 
 
 
402 aa  169  4e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.31 
 
 
318 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.16 
 
 
322 aa  169  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  37.3 
 
 
322 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  37.25 
 
 
321 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.39 
 
 
326 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.03 
 
 
343 aa  167  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  32.19 
 
 
402 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  37.04 
 
 
324 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  38.77 
 
 
320 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  34.52 
 
 
395 aa  166  5e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.27 
 
 
317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  32.5 
 
 
402 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  40.55 
 
 
320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  40.55 
 
 
330 aa  166  5.9999999999999996e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  35.71 
 
 
322 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  32.41 
 
 
408 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.68 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  34.62 
 
 
514 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.34 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1280  threonine dehydratase  36.64 
 
 
505 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  36.08 
 
 
326 aa  164  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  38.3 
 
 
324 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  38.3 
 
 
324 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.62 
 
 
311 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  39.21 
 
 
326 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  36.68 
 
 
402 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.76 
 
 
327 aa  162  8.000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.36 
 
 
323 aa  162  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  33.85 
 
 
403 aa  161  1e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  33.75 
 
 
403 aa  160  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.94 
 
 
319 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.77 
 
 
321 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.09 
 
 
324 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.62 
 
 
311 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  33.45 
 
 
401 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.62 
 
 
311 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.63 
 
 
317 aa  160  4e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.54 
 
 
320 aa  159  5e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  37.61 
 
 
320 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.58 
 
 
304 aa  159  5e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  37.54 
 
 
501 aa  159  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>